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Key: Heavy Chains Display options: |
Crystal Structure Of Hiv-1 Neutralizing Human Fab 4E10 In Complex With A 16-Residue Peptide Encompassing The 4E10 Epitope On Gp41
| Item | Info |
|---|---|
| PDB code: | 2fx7 |
| Organism: | HOMO SAPIENS |
| Experimental method: | X-RAY DIFFRACTION |
| In complex: | True |
| Fvs present: | 1 |
| Binding affinity (KD): | 2e-08 M |
| ΔG: | -10.5 kcal/mol |
| Affinity method: | SPR |
| Source: | Paper Link |
| Light chain type: | Kappa |
| PDB has constant region: | True |
This PDB has 1 antibody variable fragment(s)
| Item | Info |
|---|---|
| Heavy Chain | H |
| Light Chain | L |
| Heavy V / J / C subgroups | IGHV1 / IGHJ1 / IGHG1 |
| Light V / J / C subgroups | IGKV3 / IGKJ1 / IGKC |
| Bound-state | Bound |
| Species | HOMO SAPIENS |
| ScFv? | False |
| Constant domains present? | True |
| Item | Info |
|---|---|
| Chain | P |
| Type | peptide |
| Name | fragment of hiv glycoprotein (gp41) |
| Species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Chain type | Chain id | Fasta sequence | Chothia annotated sequence ( framework / CDRs ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| VH | H | Download |
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| VL | L | Download |
|
| Antigen type | Chain id | Fasta sequence | Sequence (Clustal colouring) |
|---|---|---|---|
| peptide | P | Download | N W F D I T N W L W Y I K K K K |
| Fab heavy/lightchain | Link to the Antibody i-Patch annotation (What is this?) |
|---|---|
| H/L | Get AB i-Patch annotation |
| CDR | Sequence |
|---|---|
| CDRL1 | RASQSVGNNKLA |
| CDRL2 | GASSRPS |
| CDRL3 | QQYGQSLST |
| CDRH1 | GGSFSTY |
| CDRH2 | IPLLTI |
| CDRH3 | EGTTGWGWLGKPIGAFAH |
| Angle | Value |
|---|---|
| HL | -56.5° |
| HC1 | 70.0° |
| HC2 | 119.7° |
| LC1 | 121.9° |
| LC2 | 84.4° |
| dc | 16.1 Å |
Downloads and links.
| Item | Download link |
|---|---|
| Full structure | Download |
| Chothia structure | Download |
| Summary file | Download |
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| Entry in IMGT | See the IMGT entry |