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Crystal Structure of 9C2 TCR Bound to CD1D
Item | Info |
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PDB | 4lhu |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.87Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VD chain | D |
VG chain | G |
VD IMGT details | TRDV1/TRDJ1 |
VG IMGT details | TRGV5/TRGJ1 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | (15Z)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]tetracos-15-enamide |
Antigen residue | JLS |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VD | D | FASTA file |
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VG | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRD1 | TSWWSYY | None | 7 |
CDRD2 | QGSDEQN | None | 7 |
CDRD3 | ALGDPGGLNTDKLI | None | 14 |
CDRG1 | VINAFY | None | 6 |
CDRG2 | YDVSNSKD | None | 8 |
CDRG3 | ATWDRGNPKTHYYKKL | None | 16 |
Angle | Value |
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Docking angle | 60.02° |