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Crystal Structure of Bc8B TCR-CD1B-Pc complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 6cug |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.4Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ13 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | A | D |
Antigen Type | Unknown |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | TETRACOSYL OCTADECANOATE; (2S)-3-(HEXADECANOYLOXY)-2-[(9Z)-OCTADEC-9-ENOYLOXY]PROPYL 2-(TRIMETHYLAMMONIO)ETHYL PHOSPHATE |
Antigen residue | CUY | POV |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | NA |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1B*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSMPGLRSSYEQY | None | 14 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | ALTPSGGYQKVT | None | 12 |
CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.61° |
BC1 | 69.35° |
BA | -58.93° |
AC2 | 78.38° |
AC1 | 129.60° |
dc | 17.66Å |
Docking angle | 86.82° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6cuh_BA | 105.70° | 69.71° | -56.90° | 76.95° | 129.69° | 17.44Å | 2.5 |
3rgv_BA | 105.45° | 69.60° | -56.35° | 79.16° | 129.29° | 17.99Å | 2.7 |
3tpu_HG | 104.60° | 69.86° | -61.37° | 80.13° | 129.21° | 17.65Å | 3.2 |
3tpu_BA | 104.73° | 70.40° | -61.30° | 80.06° | 128.52° | 17.68Å | 3.4 |
3tjh_DC | 106.75° | 68.71° | -59.08° | 75.44° | 127.99° | 17.46Å | 3.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.7 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.9 |
2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 9.2 |
4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.3 |
3w14_CD | 112.00° | 71.35° | -60.33° | 80.91° | 123.65° | 16.11Å | 9.5 |