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Crystal Structure of complex Between D10 TCR and PMHC I-ak/Ca
Item | Info |
---|---|
PDB | 1d9k |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.2Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ56 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen Sequence | GNSHRGAIEWEGIESG |
Antigen Length | 16 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AA*02 / H2-ABk |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGQGRAEQF | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AATGSFNKLT | None | 10 |
CDRA2 | ISLVSNK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.02° |
BC1 | 72.46° |
BA | -64.28° |
AC2 | 73.85° |
AC1 | 124.11° |
dc | 16.70Å |
Docking angle | 52.39° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 1.6 |
4p46_BA | 108.81° | 71.44° | -65.09° | 73.62° | 124.48° | 16.80Å | 1.8 |
4n0c_DC | 109.77° | 71.54° | -64.83° | 74.82° | 122.75° | 16.47Å | 2.0 |
4p23_BA | 108.62° | 71.76° | -65.31° | 73.30° | 124.36° | 16.71Å | 2.0 |
3rdt_BA | 108.47° | 71.61° | -65.20° | 73.43° | 124.44° | 16.68Å | 2.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.7 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.7 |
3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.9 |
1dvf_DC | 114.14° | 72.16° | -63.08° | 77.80° | 122.38° | 15.86Å | 6.1 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 6.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ56 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen Sequence | GNSHRGAIEWEGIESG |
Antigen Length | 16 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | G | H |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AA*02 / H2-ABk |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGQGRAEQF | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AATGSFNKLT | None | 10 |
CDRA2 | ISLVSNK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.68° |
BC1 | 72.21° |
BA | -62.85° |
AC2 | 71.96° |
AC1 | 124.87° |
dc | 16.59Å |
Docking angle | 52.56° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5e6i_LF | 110.43° | 71.17° | -60.84° | 72.67° | 125.00° | 17.08Å | 2.4 |
5e6i_HG | 109.32° | 70.63° | -61.83° | 71.75° | 124.34° | 17.06Å | 2.4 |
4p23_BA | 108.62° | 71.76° | -65.31° | 73.30° | 124.36° | 16.71Å | 3.5 |
1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 3.5 |
4p46_BA | 108.81° | 71.44° | -65.09° | 73.62° | 124.48° | 16.80Å | 3.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.0 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.5 |
3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 7.0 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 7.3 |
1dvf_DC | 114.14° | 72.16° | -63.08° | 77.80° | 122.38° | 15.86Å | 7.3 |