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Murine alloreactive Scfv TCR-Peptide-MHC Class I Molecule complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 1kj2 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.71Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ15 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | KVITFIDL |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | TCSAAPDWGASAETLY | None | 16 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | AARYQGGRALI | None | 11 |
CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.32° |
BC1 | 85.39° |
BA | -51.99° |
AC2 | 82.20° |
AC1 | 121.44° |
dc | 15.47Å |
Docking angle | 31.00° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3to4_DC | 107.02° | 83.63° | -53.43° | 83.97° | 121.57° | 15.42Å | 3.2 |
3uts_JI | 108.87° | 79.90° | -58.16° | 82.82° | 121.85° | 15.91Å | 8.3 |
8d5p_BA | 110.43° | 79.01° | -55.92° | 82.81° | 125.03° | 15.68Å | 8.6 |
6dfq_FE | 106.35° | 79.02° | -57.24° | 81.44° | 120.30° | 15.27Å | 8.6 |
6fur_DC | 106.56° | 78.07° | -51.28° | 78.27° | 122.54° | 16.32Å | 8.6 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ15 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | KVITFIDL |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | I | M |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | TCSAAPDWGASAETLY | None | 16 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | AARYQGGRALI | None | 11 |
CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.30° |
BC1 | 84.69° |
BA | -50.38° |
AC2 | 82.85° |
AC1 | 122.32° |
dc | 15.59Å |
Docking angle | 30.45° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3to4_DC | 107.02° | 83.63° | -53.43° | 83.97° | 121.57° | 15.42Å | 4.8 |
8d5p_BA | 110.43° | 79.01° | -55.92° | 82.81° | 125.03° | 15.68Å | 8.4 |
6fur_DC | 106.56° | 78.07° | -51.28° | 78.27° | 122.54° | 16.32Å | 9.0 |
6fup_BA | 106.85° | 77.85° | -51.68° | 77.92° | 122.43° | 16.36Å | 9.2 |
3uts_JI | 108.87° | 79.90° | -58.16° | 82.82° | 121.85° | 15.91Å | 9.3 |