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Structural and Kinetic Basis For Heightened Immunogenicity of T Cell Vaccines
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 2bnq |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 1.7Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV21/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYVGNTGELF | None | 12 |
| CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVRPTSGGSYIPT | None | 13 |
| CDRA2 | IQSSQRE | None | 7 |
| CDRA1 | DSAIYN | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 99.08° |
| BC1 | 70.19° |
| BA | -46.99° |
| AC2 | 87.94° |
| AC1 | 123.48° |
| dc | 17.00Å |
| Docking angle | 69.54° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2bnr_ED | 99.46° | 70.52° | -47.45° | 87.20° | 123.24° | 16.92Å | 1.0 |
| 3axl_BA | 99.15° | 70.16° | -47.82° | 88.22° | 124.38° | 17.25Å | 1.3 |
| 3axl_HG | 99.51° | 70.17° | -48.53° | 88.24° | 124.46° | 17.11Å | 1.9 |
| 2f53_ED | 98.66° | 70.55° | -45.38° | 89.09° | 123.08° | 17.05Å | 2.1 |
| 2f54_ED | 98.01° | 69.94° | -45.79° | 89.54° | 123.82° | 17.23Å | 2.3 |