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the Structural Dynamics and Energetics of an Immunodominant T-Cell Receptor are Programmed By Its Vbeta Domain
Item | Info |
---|---|
PDB | 2vlk |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV27/TRAJ42 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS |
Antigen Sequence | GILGFVFTL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSSRSSYEQY | None | 11 |
CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
CDRA3 | AGAGSQGNLI | A3-10-C | 10 |
CDRA2 | VVTGGEV | None | 7 |
CDRA1 | SVFSS | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.53° |
BC1 | 68.22° |
BA | -50.04° |
AC2 | 80.54° |
AC1 | 127.47° |
dc | 17.33Å |
Docking angle | 62.20° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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2vlr_ED | 101.89° | 68.24° | -50.85° | 80.78° | 128.30° | 17.33Å | 1.3 |
2vlr_JI | 102.60° | 68.26° | -50.48° | 80.59° | 128.66° | 17.58Å | 1.3 |
2vlj_ED | 101.90° | 68.47° | -48.75° | 79.76° | 127.73° | 17.22Å | 1.7 |
5hhm_JI | 102.11° | 67.67° | -50.24° | 81.42° | 128.65° | 17.00Å | 1.7 |
5hhm_ED | 101.72° | 67.97° | -50.56° | 81.00° | 128.78° | 16.94Å | 1.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.1 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.5 |