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Crystal Structure of the Lc13 TCR in complex with Hla B*4405 Bound to Eeylqafty a Self Peptide From the abcd3 Protein
Item | Info |
---|---|
PDB | 3kps |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.7Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV26/TRAJ52 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | EEYLQAFTY |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*4405 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLGQAYEQY | None | 11 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
CDRA3 | ILPLAGGTSYGKLT | None | 14 |
CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
Angle | Value |
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BC2 | 108.71° |
BC1 | 71.81° |
BA | -63.92° |
AC2 | 89.41° |
AC1 | 132.56° |
dc | 17.63Å |
Docking angle | 43.18° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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3kpr_ED | 108.37° | 71.95° | -62.50° | 91.08° | 133.35° | 17.66Å | 2.4 |
1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 2.6 |
4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 3.2 |
4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.3 |
1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 3.5 |