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Genetic and Structural Basis For Selection of a Ubiquitous T Cell Receptor Deployed in Epstein-Barr Virus
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3o4l |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.54Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV20/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV5/TRAJ31 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HUMAN HERPESVIRUS 4 |
| Antigen Sequence | GLCTLVAML |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SARDGTGNGYT | None | 11 |
| CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
| CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
| CDRA3 | AEDNNARLM | None | 9 |
| CDRA2 | IFSNMDM | None | 7 |
| CDRA1 | DSSSTY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.51° |
| BC1 | 72.59° |
| BA | -60.55° |
| AC2 | 71.70° |
| AC1 | 121.55° |
| dc | 16.46Å |
| Docking angle | 46.31° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6eh9_BA | 103.54° | 75.41° | -59.14° | 72.58° | 122.83° | 16.08Å | 3.7 |
| 5tez_JI | 104.37° | 71.65° | -61.90° | 74.92° | 122.39° | 16.18Å | 3.7 |
| 6fr7_BA | 105.14° | 75.84° | -58.95° | 71.38° | 122.35° | 16.21Å | 3.8 |
| 4gkz_BA | 105.05° | 75.56° | -58.82° | 71.13° | 122.89° | 16.12Å | 3.8 |
| 6eh8_BA | 104.71° | 75.21° | -59.36° | 71.27° | 124.05° | 16.26Å | 3.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.2 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 9.1 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 9.5 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 9.9 |
| 3wih_HL | 112.71° | 73.60° | -62.35° | 76.89° | 120.78° | 15.53Å | 10.0 |