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Crystal Structure of autoreactive-Valpha14-Vbeta6 Nkt TCR in complex with CD1D-Beta-Galactosylceramide
Item | Info |
---|---|
PDB | 3sda |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | N-[(2S,3R)-1-(BETA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)-3-HYDROXYOCTADEC-4-EN-2-YL]TETRACOSANAMIDE |
Antigen residue | GCY |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGSLLDVREVF | None | 12 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | FNHDT | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 99.72° |
BC1 | 74.86° |
BA | -61.98° |
AC2 | 79.10° |
AC1 | 125.45° |
dc | 16.20Å |
Docking angle | 24.34° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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3qi9_DC | 99.90° | 74.94° | -62.35° | 78.66° | 125.25° | 16.15Å | 0.6 |
4apq_DC | 99.83° | 75.05° | -62.12° | 78.50° | 125.21° | 16.18Å | 0.7 |
3sdd_DC | 99.94° | 75.45° | -61.84° | 78.72° | 125.61° | 16.12Å | 0.8 |
3sdc_DC | 99.60° | 74.90° | -62.92° | 78.10° | 125.67° | 16.07Å | 1.4 |
3scm_DC | 99.29° | 74.65° | -62.93° | 77.74° | 125.73° | 16.19Å | 1.7 |