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Structure of Mouse Valpha14Vbeta2-MouseCD1D-alpha-Galactosylceramide
Item | Info |
---|---|
PDB | 3to4 |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.1Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Carbohydrate |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE |
Antigen residue | AGH |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | TSSADHWTNTGQLY | None | 14 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 107.02° |
BC1 | 83.63° |
BA | -53.43° |
AC2 | 83.97° |
AC1 | 121.57° |
dc | 15.42Å |
Docking angle | 27.55° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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1kj2_BA | 108.32° | 85.39° | -51.99° | 82.20° | 121.44° | 15.47Å | 3.2 |
1kj2_ED | 110.30° | 84.69° | -50.38° | 82.85° | 122.32° | 15.59Å | 4.8 |
3uts_JI | 108.87° | 79.90° | -58.16° | 82.82° | 121.85° | 15.91Å | 6.4 |
6dfq_BA | 107.29° | 78.06° | -56.66° | 82.85° | 120.36° | 15.24Å | 6.7 |
6dfq_FE | 106.35° | 79.02° | -57.24° | 81.44° | 120.30° | 15.27Å | 6.7 |