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42F3 P5E8/H2-Ld complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 3tpu |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.1Å |
Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | J |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | I | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.73° |
BC1 | 70.40° |
BA | -61.30° |
AC2 | 80.06° |
AC1 | 128.52° |
dc | 17.68Å |
Docking angle | 42.34° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7phr_BA | 102.84° | 68.79° | -60.97° | 80.25° | 128.63° | 16.90Å | 2.6 |
6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 3.4 |
7zt8_ED | 102.98° | 70.77° | -62.30° | 81.33° | 125.87° | 16.92Å | 3.7 |
5d2l_LK | 105.64° | 70.74° | -60.29° | 80.84° | 125.41° | 16.20Å | 3.8 |
5ivx_FE | 105.11° | 70.76° | -57.75° | 79.87° | 126.86° | 17.29Å | 4.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.8 |
2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.9 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.2 |
4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.2 |
3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 9.7 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | F |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | E | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.89° |
BC1 | 70.23° |
BA | -62.13° |
AC2 | 79.88° |
AC1 | 129.22° |
dc | 17.56Å |
Docking angle | 42.23° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6avf_BA | 107.11° | 69.32° | -63.24° | 81.79° | 130.55° | 17.51Å | 3.0 |
6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 3.7 |
7phr_BA | 102.84° | 68.79° | -60.97° | 80.25° | 128.63° | 16.90Å | 3.7 |
4z7w_HG | 105.17° | 72.54° | -64.75° | 79.67° | 126.96° | 16.95Å | 4.3 |
3tf7_Ii | 107.15° | 71.55° | -61.98° | 78.65° | 125.58° | 17.03Å | 4.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.2 |
2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.3 |
4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.0 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.1 |
4x4y_CD | 112.91° | 73.65° | -61.15° | 79.25° | 124.76° | 15.70Å | 9.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | L |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | K | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.60° |
BC1 | 69.86° |
BA | -61.37° |
AC2 | 80.13° |
AC1 | 129.21° |
dc | 17.65Å |
Docking angle | 42.02° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7phr_BA | 102.84° | 68.79° | -60.97° | 80.25° | 128.63° | 16.90Å | 2.3 |
6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 3.2 |
6avf_BA | 107.11° | 69.32° | -63.24° | 81.79° | 130.55° | 17.51Å | 3.8 |
7zt8_ED | 102.98° | 70.77° | -62.30° | 81.33° | 125.87° | 16.92Å | 4.2 |
2eyt_BA | 104.12° | 72.35° | -58.29° | 81.38° | 129.49° | 16.87Å | 4.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 9.1 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.3 |
3w14_CD | 112.00° | 71.35° | -60.33° | 80.91° | 123.65° | 16.11Å | 9.6 |
4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.6 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | N |
VA chain | M |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | R |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | Q | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | N | FASTA file |
|
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VA | M | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.04° |
BC1 | 70.98° |
BA | -62.06° |
AC2 | 80.38° |
AC1 | 128.83° |
dc | 17.57Å |
Docking angle | 43.03° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6avf_BA | 107.11° | 69.32° | -63.24° | 81.79° | 130.55° | 17.51Å | 3.2 |
3tf7_Cc | 107.14° | 72.79° | -61.91° | 82.16° | 126.70° | 16.64Å | 3.6 |
4z7w_HG | 105.17° | 72.54° | -64.75° | 79.67° | 126.96° | 16.95Å | 3.8 |
3tf7_Ii | 107.15° | 71.55° | -61.98° | 78.65° | 125.58° | 17.03Å | 3.9 |
3tf7_Gg | 109.58° | 71.38° | -62.20° | 80.68° | 127.04° | 16.81Å | 4.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 7.8 |
2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.2 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 8.5 |
4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 8.7 |
4x4y_CD | 112.91° | 73.65° | -61.15° | 79.25° | 124.76° | 15.70Å | 8.7 |