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42F3 P5E8/H2-Ld complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3tpu |
| Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.1Å |
| Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | J |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | I | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
| CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
| CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.73° |
| BC1 | 70.40° |
| BA | -61.30° |
| AC2 | 80.06° |
| AC1 | 128.52° |
| dc | 17.68Å |
| Docking angle | 42.34° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7phr_BA | 102.84° | 68.79° | -60.97° | 80.25° | 128.63° | 16.90Å | 2.6 |
| 6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 3.4 |
| 7zt8_ED | 102.98° | 70.77° | -62.30° | 81.33° | 125.87° | 16.92Å | 3.7 |
| 5d2l_LK | 105.64° | 70.74° | -60.29° | 80.84° | 125.41° | 16.20Å | 3.8 |
| 5ivx_FE | 105.11° | 70.76° | -57.75° | 79.87° | 126.86° | 17.29Å | 4.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.8 |
| 2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.9 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.2 |
| 4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.2 |
| 3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 9.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | F |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | E | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
| CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
| CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.89° |
| BC1 | 70.23° |
| BA | -62.13° |
| AC2 | 79.88° |
| AC1 | 129.22° |
| dc | 17.56Å |
| Docking angle | 42.23° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6avf_BA | 107.11° | 69.32° | -63.24° | 81.79° | 130.55° | 17.51Å | 3.0 |
| 6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 3.7 |
| 7phr_BA | 102.84° | 68.79° | -60.97° | 80.25° | 128.63° | 16.90Å | 3.7 |
| 4z7w_HG | 105.17° | 72.54° | -64.75° | 79.67° | 126.96° | 16.95Å | 4.3 |
| 3tf7_Ii | 107.15° | 71.55° | -61.98° | 78.65° | 125.58° | 17.03Å | 4.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.2 |
| 2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.3 |
| 4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.0 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.1 |
| 4x4y_CD | 112.91° | 73.65° | -61.15° | 79.25° | 124.76° | 15.70Å | 9.3 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | L |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | K | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
| CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
| CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.60° |
| BC1 | 69.86° |
| BA | -61.37° |
| AC2 | 80.13° |
| AC1 | 129.21° |
| dc | 17.65Å |
| Docking angle | 42.02° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7phr_BA | 102.84° | 68.79° | -60.97° | 80.25° | 128.63° | 16.90Å | 2.3 |
| 6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 3.2 |
| 6avf_BA | 107.11° | 69.32° | -63.24° | 81.79° | 130.55° | 17.51Å | 3.8 |
| 7zt8_ED | 102.98° | 70.77° | -62.30° | 81.33° | 125.87° | 16.92Å | 4.2 |
| 2eyt_BA | 104.12° | 72.35° | -58.29° | 81.38° | 129.49° | 16.87Å | 4.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 9.1 |
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.3 |
| 3w14_CD | 112.00° | 71.35° | -60.33° | 80.91° | 123.65° | 16.11Å | 9.6 |
| 4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.6 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | N |
| VA chain | M |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | R |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | FLSPFWFDI |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | Q | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | N | FASTA file |
|
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| VA | M | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
| CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
| CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.04° |
| BC1 | 70.98° |
| BA | -62.06° |
| AC2 | 80.38° |
| AC1 | 128.83° |
| dc | 17.57Å |
| Docking angle | 43.03° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6avf_BA | 107.11° | 69.32° | -63.24° | 81.79° | 130.55° | 17.51Å | 3.2 |
| 3tf7_Cc | 107.14° | 72.79° | -61.91° | 82.16° | 126.70° | 16.64Å | 3.6 |
| 4z7w_HG | 105.17° | 72.54° | -64.75° | 79.67° | 126.96° | 16.95Å | 3.8 |
| 3tf7_Ii | 107.15° | 71.55° | -61.98° | 78.65° | 125.58° | 17.03Å | 3.9 |
| 3tf7_Gg | 109.58° | 71.38° | -62.20° | 80.68° | 127.04° | 16.81Å | 4.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 7.8 |
| 2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.2 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 8.5 |
| 4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 8.7 |
| 4x4y_CD | 112.91° | 73.65° | -61.15° | 79.25° | 124.76° | 15.70Å | 8.7 |