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Structure of the Mouse CD1D-Smc124-inkt TCR complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 3tvm |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | N-[(2S,3R)-10-[(1R,2R)-2-DECYLCYCLOPROPYL]-1-(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)-3-HYDROXYDECAN-2-YL]HEXACOSANAMIDE |
Antigen residue | 07P |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGDEGYTQY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.08° |
BC1 | 78.53° |
BA | -56.81° |
AC2 | 79.79° |
AC1 | 122.54° |
dc | 16.28Å |
Docking angle | 25.49° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4y4f_DC | 98.87° | 78.73° | -57.84° | 79.54° | 122.30° | 16.12Å | 1.1 |
6bnk_HG | 99.22° | 78.94° | -57.78° | 79.39° | 122.30° | 16.15Å | 1.2 |
4y2d_HG | 98.84° | 78.31° | -57.93° | 79.70° | 122.33° | 16.26Å | 1.2 |
6cw9_DC | 99.40° | 78.65° | -57.87° | 79.12° | 122.47° | 16.13Å | 1.3 |
6omg_DC | 99.59° | 79.13° | -57.66° | 79.15° | 122.62° | 16.10Å | 1.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | E |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | N-[(2S,3R)-10-[(1R,2R)-2-DECYLCYCLOPROPYL]-1-(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)-3-HYDROXYDECAN-2-YL]HEXACOSANAMIDE |
Antigen residue | 07P |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | E | F |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGDEGYTQY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.58° |
BC1 | 78.20° |
BA | -58.87° |
AC2 | 79.93° |
AC1 | 122.60° |
dc | 16.25Å |
Docking angle | 26.97° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4irs_DC | 99.44° | 78.16° | -58.52° | 79.58° | 123.08° | 16.22Å | 0.7 |
4zak_DC | 99.42° | 78.31° | -58.57° | 79.31° | 122.84° | 16.13Å | 0.8 |
3o8x_DC | 99.50° | 78.12° | -58.88° | 79.42° | 123.34° | 16.23Å | 0.9 |
6miy_DC | 99.26° | 78.19° | -58.74° | 79.14° | 123.09° | 16.19Å | 1.0 |
6cx5_DC | 99.63° | 78.59° | -58.31° | 79.30° | 122.94° | 16.14Å | 1.0 |