Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Crystal Structure of autoreactive-Valpha14-Vbeta6 Nkt TCR in complex with CD1D-Sulfatide
Item | Info |
---|---|
PDB | 4apq |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE |
Antigen residue | CIS |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | D | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGSLLDVREVF | None | 12 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | FNHDT | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.83° |
BC1 | 75.05° |
BA | -62.12° |
AC2 | 78.50° |
AC1 | 125.21° |
dc | 16.18Å |
Docking angle | 24.61° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3qi9_DC | 99.90° | 74.94° | -62.35° | 78.66° | 125.25° | 16.15Å | 0.3 |
3sdd_DC | 99.94° | 75.45° | -61.84° | 78.72° | 125.61° | 16.12Å | 0.7 |
3sda_DC | 99.72° | 74.86° | -61.98° | 79.10° | 125.45° | 16.20Å | 0.7 |
3sdc_DC | 99.60° | 74.90° | -62.92° | 78.10° | 125.67° | 16.07Å | 1.0 |
3scm_DC | 99.29° | 74.65° | -62.93° | 77.74° | 125.73° | 16.19Å | 1.4 |