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Crystal Structure of a Human Valpha24(-) Nkt TCR in complex with CD1D/alpha-Galactosylceramide
Item | Info |
---|---|
PDB | 4en3 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.568Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ18 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Carbohydrate |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE |
Antigen residue | AGH |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSENSGTGRIYEQY | None | 15 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | ATYDRGSTLGRLY | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
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BC2 | 101.00° |
BC1 | 73.86° |
BA | -67.43° |
AC2 | 76.72° |
AC1 | 125.48° |
dc | 16.05Å |
Docking angle | 21.30° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3he6_DC | 100.80° | 74.12° | -65.56° | 76.18° | 123.52° | 16.62Å | 2.8 |
3ard_DC | 100.72° | 74.94° | -64.96° | 76.72° | 123.07° | 16.43Å | 3.6 |
6c61_BA | 100.18° | 74.00° | -65.29° | 76.32° | 122.94° | 17.25Å | 3.7 |
6pvc_HG | 103.78° | 74.08° | -67.41° | 78.04° | 123.24° | 16.39Å | 3.8 |
3are_DC | 100.15° | 74.20° | -64.40° | 75.94° | 123.52° | 16.55Å | 3.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.5 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 8.9 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.0 |