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the complex Between TCR Jkf6 and Human Class I MHC HLA-A2 Presenting the Mart-1(27-35)(a27L) Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 4eup |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.88Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV28/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ45 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | F |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | ALGIGILTV |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | D | E |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSFLGTGVEQY | None | 12 |
CDRB2 | SYDVKM | None | 6 |
CDRB1 | MDHEN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGGGADGLT | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.47° |
BC1 | 71.36° |
BA | -55.50° |
AC2 | 80.20° |
AC1 | 125.61° |
dc | 16.91Å |
Docking angle | 31.75° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7ams_BA | 100.34° | 71.98° | -55.69° | 80.34° | 124.67° | 16.63Å | 1.2 |
5ksb_HG | 100.64° | 72.26° | -54.88° | 80.22° | 125.62° | 16.39Å | 1.2 |
5ksb_FE | 100.41° | 72.25° | -54.96° | 79.93° | 125.35° | 16.44Å | 1.2 |
2gj6_ED | 100.49° | 70.12° | -55.19° | 80.35° | 125.00° | 17.00Å | 1.4 |
7amq_BA | 100.33° | 71.59° | -54.33° | 80.53° | 125.07° | 16.75Å | 1.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.6 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.3 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 9.7 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.9 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV28/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ45 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | ALGIGILTV |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSFLGTGVEQY | None | 12 |
CDRB2 | SYDVKM | None | 6 |
CDRB1 | MDHEN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGGGADGLT | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.43° |
BC1 | 70.05° |
BA | -55.99° |
AC2 | 81.45° |
AC1 | 126.09° |
dc | 17.00Å |
Docking angle | 32.07° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3h9s_ED | 99.13° | 70.40° | -55.69° | 81.09° | 124.49° | 16.87Å | 1.7 |
3qfj_ED | 99.15° | 70.45° | -55.03° | 81.98° | 124.79° | 16.89Å | 1.8 |
2gj6_ED | 100.49° | 70.12° | -55.19° | 80.35° | 125.00° | 17.00Å | 2.0 |
1qse_ED | 100.14° | 70.59° | -54.40° | 82.15° | 125.25° | 17.00Å | 2.1 |
8tfn_BA | 100.45° | 70.20° | -55.86° | 83.24° | 125.21° | 16.87Å | 2.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.5 |