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Crystal Structure of Ca5 TCR-Hla B*3505-Lpep complex
Item | Info |
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PDB | 4jrx |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.3Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV19/TRAJ34 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN HERPESVIRUS 4 |
Antigen Sequence | LPEPLPQGQLTAY |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*3508 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASPGETEAF | None | 9 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | ALSGFYNTDKLI | A3-12-B | 12 |
CDRA2 | RNSFDEQN | None | 8 |
CDRA1 | TRDTTYY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.99° |
BC1 | 73.66° |
BA | -50.19° |
AC2 | 77.76° |
AC1 | 123.06° |
dc | 15.83Å |
Docking angle | 67.96° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2wbj_HG | 100.50° | 73.05° | -50.30° | 80.42° | 123.42° | 15.89Å | 2.8 |
2wbj_DC | 99.41° | 72.30° | -50.37° | 79.57° | 123.87° | 16.12Å | 2.9 |
2ak4_PN | 103.72° | 72.78° | -49.18° | 77.02° | 123.05° | 16.06Å | 3.1 |
2ak4_UT | 103.37° | 72.39° | -51.01° | 76.50° | 123.50° | 16.10Å | 3.1 |
3kxf_PN | 103.18° | 71.96° | -49.57° | 76.28° | 122.83° | 16.19Å | 3.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.1 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.5 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.6 |