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T Cell Response to a Hiv Reverse Transcriptase Epitope Presented By the Protective allele HLA-B*51:01
Item | Info |
---|---|
PDB | 4mji |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.99Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ22 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen Sequence | TAFTIPSI |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*5101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLTGGGELF | None | 11 |
CDRB2 | FQGTGA | None | 6 |
CDRB1 | SGHTA | None | 5 |
CDRA3 | ATDDDSARQLT | None | 11 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.26° |
BC1 | 72.00° |
BA | -69.04° |
AC2 | 77.36° |
AC1 | 126.13° |
dc | 16.30Å |
Docking angle | 44.03° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7t2b_ON | 108.26° | 71.46° | -66.53° | 77.16° | 123.89° | 16.44Å | 3.4 |
4ei6_DC | 105.99° | 71.66° | -68.94° | 79.57° | 124.58° | 16.60Å | 3.6 |
7t2b_JI | 108.80° | 70.81° | -65.45° | 77.16° | 125.44° | 16.56Å | 3.9 |
4p4k_DC | 106.63° | 72.04° | -65.99° | 75.64° | 125.63° | 16.65Å | 3.9 |
3mff_BA | 106.92° | 71.88° | -68.46° | 73.85° | 127.42° | 16.76Å | 4.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.4 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.9 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 7.2 |
5tbd_DG | 112.72° | 69.36° | -67.54° | 80.19° | 121.66° | 16.24Å | 7.6 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 8.0 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ22 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen Sequence | TAFTIPSI |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*5101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLTGGGELF | None | 11 |
CDRB2 | FQGTGA | None | 6 |
CDRB1 | SGHTA | None | 5 |
CDRA3 | ATDDDSARQLT | None | 11 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.38° |
BC1 | 72.09° |
BA | -69.54° |
AC2 | 77.32° |
AC1 | 126.44° |
dc | 16.42Å |
Docking angle | 43.98° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4ei6_DC | 105.99° | 71.66° | -68.94° | 79.57° | 124.58° | 16.60Å | 3.8 |
7t2b_ON | 108.26° | 71.46° | -66.53° | 77.16° | 123.89° | 16.44Å | 4.0 |
3mff_BA | 106.92° | 71.88° | -68.46° | 73.85° | 127.42° | 16.76Å | 4.1 |
7t2b_JI | 108.80° | 70.81° | -65.45° | 77.16° | 125.44° | 16.56Å | 4.4 |
4p4k_DC | 106.63° | 72.04° | -65.99° | 75.64° | 125.63° | 16.65Å | 4.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.6 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 7.3 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 7.3 |
5tbd_DG | 112.72° | 69.36° | -67.54° | 80.19° | 121.66° | 16.24Å | 7.8 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 8.5 |