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Structure of the Dp10.7 TCR with CD1D-Sulfatide
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4mng |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.0058Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VD chain | E |
| VG chain | e |
| VD IMGT details | TRDV1/TRDJ1 |
| VG IMGT details | TRGV4/TRGJ1 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | A |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
| Antigen name | (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE |
| Antigen residue | CIS |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human; mouse |
| MHC IMGT details | CD1D*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| VD | E | FASTA file |
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| VG | e | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRD1 | TSWWSYY | None | 7 |
| CDRD2 | QGSDEQN | None | 7 |
| CDRD3 | ALGEPSYWGFPRTTRVI | None | 17 |
| CDRG1 | EGSTGY | None | 6 |
| CDRG2 | YDSYTSSV | None | 8 |
| CDRG3 | ATWDEKYYKKL | None | 11 |
| Angle | Value |
|---|---|
| Docking angle | 38.93° |
| Item | Info |
|---|---|
| VD chain | F |
| VG chain | f |
| VD IMGT details | TRDV1/TRDJ1 |
| VG IMGT details | TRGV4/TRGJ1 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
| Antigen name | (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE |
| Antigen residue | CIS |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human; mouse |
| MHC IMGT details | CD1D*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VD | F | FASTA file |
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| VG | f | FASTA file |
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| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRD1 | TSWWSYY | None | 7 |
| CDRD2 | QGSDEQN | None | 7 |
| CDRD3 | ALGEPSYWGFPRTTRVI | None | 17 |
| CDRG1 | EGSTGY | None | 6 |
| CDRG2 | YDSYTSSV | None | 8 |
| CDRG3 | ATWDEKYYKKL | None | 11 |
| Angle | Value |
|---|---|
| Docking angle | 38.83° |