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Structure of the Dp10.7 TCR with CD1D-Sulfatide
Item | Info |
---|---|
PDB | 4mng |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.0058Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
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VD chain | E |
VG chain | e |
VD IMGT details | TRDV1/TRDJ1 |
VG IMGT details | TRGV4/TRGJ1 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE |
Antigen residue | CIS |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human; mouse |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VD | E | FASTA file |
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VG | e | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRD1 | TSWWSYY | None | 7 |
CDRD2 | QGSDEQN | None | 7 |
CDRD3 | ALGEPSYWGFPRTTRVI | None | 17 |
CDRG1 | EGSTGY | None | 6 |
CDRG2 | YDSYTSSV | None | 8 |
CDRG3 | ATWDEKYYKKL | None | 11 |
Angle | Value |
---|---|
Docking angle | 38.93° |
Item | Info |
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VD chain | F |
VG chain | f |
VD IMGT details | TRDV1/TRDJ1 |
VG IMGT details | TRGV4/TRGJ1 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE |
Antigen residue | CIS |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human; mouse |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VD | F | FASTA file |
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VG | f | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRD1 | TSWWSYY | None | 7 |
CDRD2 | QGSDEQN | None | 7 |
CDRD3 | ALGEPSYWGFPRTTRVI | None | 17 |
CDRG1 | EGSTGY | None | 6 |
CDRG2 | YDSYTSSV | None | 8 |
CDRG3 | ATWDEKYYKKL | None | 11 |
Angle | Value |
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Docking angle | 38.83° |