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TCR-Peptide Specificity Overrides affinity Enhancing TCR-MHC interactions
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4mnq |
| Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/PAN TROGLODYTES |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.742Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV22/TRAJ40 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | ILAKFLHWL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYQGTEAF | None | 10 |
| CDRB2 | SIHPEY | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVDSATALPYGYI | None | 13 |
| CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
| CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.72° |
| BC1 | 75.72° |
| BA | -46.53° |
| AC2 | 88.78° |
| AC1 | 115.36° |
| dc | 15.24Å |
| Docking angle | 43.05° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3rug_HG | 100.01° | 75.77° | -48.57° | 84.81° | 118.89° | 15.72Å | 6.0 |
| 3rug_FE | 100.25° | 75.20° | -49.87° | 86.06° | 119.82° | 15.81Å | 6.4 |
| 8f5a_DC | 99.89° | 74.98° | -47.85° | 82.42° | 119.44° | 15.80Å | 7.9 |
| 5men_ED | 102.47° | 71.74° | -49.32° | 86.57° | 122.36° | 15.97Å | 8.9 |
| 7jwj_ED | 98.39° | 74.68° | -44.94° | 86.04° | 123.10° | 15.83Å | 9.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1fl3_AB | 109.41° | 74.70° | -46.34° | 89.75° | 114.13° | 16.81Å | 8.1 |
| 1ub5_AB | 109.53° | 74.27° | -46.97° | 90.39° | 114.06° | 16.72Å | 8.4 |
| 3cfb_HL | 109.13° | 73.79° | -45.15° | 91.16° | 114.15° | 16.82Å | 8.4 |
| 1ub6_AB | 109.98° | 74.58° | -48.54° | 88.18° | 114.44° | 16.31Å | 8.7 |
| 5aum_HL | 107.30° | 70.43° | -45.53° | 83.77° | 117.71° | 16.10Å | 9.6 |