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42F3 TCR Pcpb9/H-2Ld complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 4ms8 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.922Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | B |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | SPAEAGFFL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.26° |
BC1 | 71.77° |
BA | -62.08° |
AC2 | 77.59° |
AC1 | 124.79° |
dc | 16.51Å |
Docking angle | 66.27° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4mvb_DC | 108.62° | 71.71° | -62.21° | 78.49° | 125.19° | 16.54Å | 1.1 |
3tf7_Ii | 107.15° | 71.55° | -61.98° | 78.65° | 125.58° | 17.03Å | 1.8 |
2nx5_ED | 108.26° | 71.73° | -60.30° | 78.17° | 124.77° | 16.81Å | 1.9 |
7na5_ED | 107.65° | 72.03° | -60.43° | 77.41° | 125.33° | 16.45Å | 1.9 |
8wul_BA | 109.40° | 71.92° | -61.55° | 77.83° | 123.26° | 16.56Å | 2.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.4 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 5.7 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 5.7 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.7 |
3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 5.8 |