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42F3 Pcpb7/H-2Ld complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4mvb |
| Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.088Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | B |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | QPAEGGFQL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
| CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
| CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.62° |
| BC1 | 71.71° |
| BA | -62.21° |
| AC2 | 78.49° |
| AC1 | 125.19° |
| dc | 16.54Å |
| Docking angle | 58.42° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4ms8_DC | 108.26° | 71.77° | -62.08° | 77.59° | 124.79° | 16.51Å | 1.1 |
| 3tf7_Ii | 107.15° | 71.55° | -61.98° | 78.65° | 125.58° | 17.03Å | 1.6 |
| 2nx5_JI | 107.82° | 71.33° | -61.50° | 79.33° | 124.52° | 16.64Å | 1.6 |
| 2nx5_ED | 108.26° | 71.73° | -60.30° | 78.17° | 124.77° | 16.81Å | 2.0 |
| 8wul_BA | 109.40° | 71.92° | -61.55° | 77.83° | 123.26° | 16.56Å | 2.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 5.1 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.2 |
| 3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 5.2 |
| 2zjs_HL | 111.63° | 69.76° | -63.89° | 80.09° | 121.84° | 15.83Å | 5.5 |
| 1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 5.5 |