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42F3 TCR Pcpc5/H-2Ld complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4mxq |
| Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.596Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | B |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | SPAPRPLDL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
| CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
| CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.70° |
| BC1 | 72.07° |
| BA | -64.15° |
| AC2 | 75.68° |
| AC1 | 123.06° |
| dc | 16.76Å |
| Docking angle | 47.77° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 0.8 |
| 4p5t_FE | 108.86° | 72.42° | -64.20° | 75.08° | 122.58° | 16.54Å | 1.5 |
| 4p5t_BA | 108.71° | 72.59° | -63.65° | 75.17° | 122.54° | 16.55Å | 1.5 |
| 3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 2.2 |
| 7f5k_DC | 106.07° | 71.79° | -62.77° | 75.29° | 123.23° | 16.79Å | 2.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.3 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.4 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.6 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 5.6 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.6 |