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42F3 TCR Pcpe3/H-2Ld complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 4n0c |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.9Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | B |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | MPAGRPWDL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 109.77° |
BC1 | 71.54° |
BA | -64.83° |
AC2 | 74.82° |
AC1 | 122.75° |
dc | 16.47Å |
Docking angle | 45.43° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 1.1 |
4p5t_FE | 108.86° | 72.42° | -64.20° | 75.08° | 122.58° | 16.54Å | 1.4 |
4p5t_BA | 108.71° | 72.59° | -63.65° | 75.17° | 122.54° | 16.55Å | 1.9 |
1d9k_BA | 110.02° | 72.46° | -64.28° | 73.85° | 124.11° | 16.70Å | 2.0 |
4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 2.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.7 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.2 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 4.9 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.3 |
3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | F |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | MPAGRPWDL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | E | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.16° |
BC1 | 72.03° |
BA | -64.53° |
AC2 | 73.99° |
AC1 | 122.54° |
dc | 17.21Å |
Docking angle | 46.69° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4x6b_BA | 106.44° | 72.79° | -65.34° | 74.60° | 121.74° | 16.56Å | 1.7 |
4x6b_DC | 105.38° | 72.98° | -64.44° | 74.90° | 122.21° | 16.55Å | 1.7 |
3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 2.0 |
3c5z_FE | 105.85° | 72.52° | -63.47° | 72.79° | 123.93° | 16.50Å | 2.3 |
3c5z_BA | 105.83° | 72.54° | -63.41° | 72.83° | 123.96° | 16.50Å | 2.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 2.4 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 5.5 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 6.7 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.7 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.8 |