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the Molecular Bases of Delta/alpha Beta T Cell-Mediated antigen Recognition.
Item | Info |
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PDB | 4wo4 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV20/TRBJ1 |
VA IMGT details | / |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | (15Z)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]tetracos-15-enamide |
Antigen residue | JLS |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | SAPGGVGAF | None | 9 |
CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
CDRA3 | ALGVTGKLT | None | 9 |
CDRA2 | QGSDEQN | None | 7 |
CDRA1 | TSWWSYY | None | 7 |
Angle | Value |
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BC2 | 100.46° |
BC1 | 74.86° |
BA | -53.24° |
AC2 | 83.26° |
AC1 | 123.21° |
dc | 16.24Å |
Docking angle | 50.01° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6mra_BA | 100.44° | 73.77° | -54.63° | 82.11° | 122.00° | 15.88Å | 2.5 |
8gvi_BA | 100.87° | 74.88° | -55.91° | 84.26° | 123.58° | 15.85Å | 2.9 |
7nme_ED | 101.80° | 74.80° | -54.27° | 81.80° | 120.98° | 16.24Å | 3.2 |
4qrp_LK | 101.65° | 74.60° | -53.08° | 81.91° | 125.88° | 16.97Å | 3.3 |
7nmf_ED | 102.41° | 74.13° | -54.73° | 81.83° | 121.62° | 16.17Å | 3.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.9 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 9.6 |