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Crystal Structure of Human TCR alpha Chain-Trav12-3, Beta Chain-Trbv6-5, antigen-Presenting Molecule CD1D, and Beta-2-Microglobulin
Item | Info |
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PDB | 4wwk |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.1Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ27 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | (15Z)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]tetracos-15-enamide |
Antigen residue | JLS |
Item | Info |
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MHC Chain | C | D |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSQGPFQPQH | None | 11 |
CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AMSGDLNTNAGKST | None | 14 |
CDRA2 | TYSSGN | A2-6-B | 6 |
CDRA1 | NSAFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.02° |
BC1 | 69.37° |
BA | -55.06° |
AC2 | 80.14° |
AC1 | 125.50° |
dc | 17.01Å |
Docking angle | 86.81° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6rpb_ED | 102.54° | 70.25° | -55.94° | 79.68° | 124.75° | 16.99Å | 1.6 |
6rpb_JI | 102.60° | 70.52° | -55.86° | 80.51° | 125.33° | 17.05Å | 1.6 |
2gj6_ED | 100.49° | 70.12° | -55.19° | 80.35° | 125.00° | 17.00Å | 1.8 |
6rpb_TS | 103.90° | 70.20° | -55.75° | 81.00° | 125.38° | 17.10Å | 2.3 |
6vm9_ED | 101.11° | 71.23° | -53.89° | 80.26° | 126.06° | 16.94Å | 2.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.5 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.1 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.1 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.8 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.0 |