Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Crystal Structure of the MCD1D/Gck127/inkTCR Ternary complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 4y4f |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.19Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | (1R)-1,5-anhydro-1-[(1E,3S,4S,5R)-4,5-dihydroxy-3-(nonacosanoylamino)nonadec-1-en-1-yl]-D-galactitol |
Antigen residue | 49M |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | D | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGDEGYTQY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 98.87° |
BC1 | 78.73° |
BA | -57.84° |
AC2 | 79.54° |
AC1 | 122.30° |
dc | 16.12Å |
Docking angle | 26.32° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6bnk_HG | 99.22° | 78.94° | -57.78° | 79.39° | 122.30° | 16.15Å | 0.4 |
4y2d_HG | 98.84° | 78.31° | -57.93° | 79.70° | 122.33° | 16.26Å | 0.5 |
6cw9_DC | 99.40° | 78.65° | -57.87° | 79.12° | 122.47° | 16.13Å | 0.7 |
6cxa_DC | 99.21° | 79.22° | -57.94° | 79.35° | 122.54° | 16.06Å | 0.7 |
3rtq_DC | 99.46° | 78.78° | -58.23° | 79.47° | 122.48° | 16.04Å | 0.7 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | E |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | (1R)-1,5-anhydro-1-[(1E,3S,4S,5R)-4,5-dihydroxy-3-(nonacosanoylamino)nonadec-1-en-1-yl]-D-galactitol |
Antigen residue | 49M |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | E | F |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | H | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGDEGYTQY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.45° |
BC1 | 78.23° |
BA | -59.68° |
AC2 | 79.07° |
AC1 | 122.51° |
dc | 16.15Å |
Docking angle | 27.94° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4y2d_DC | 99.26° | 78.05° | -59.53° | 79.02° | 122.49° | 16.22Å | 0.3 |
6miy_HG | 99.40° | 78.41° | -59.07° | 78.95° | 122.80° | 16.20Å | 0.7 |
4y4h_DC | 99.92° | 78.02° | -59.31° | 79.27° | 123.06° | 16.36Å | 0.9 |
6mja_DC | 99.40° | 78.37° | -58.78° | 78.90° | 122.84° | 16.17Å | 1.0 |
3o9w_DC | 99.29° | 77.76° | -59.52° | 79.49° | 123.22° | 16.28Å | 1.0 |