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Crystal Structure of Staphylococcal Enterotoxin a F47a Mutant in complex with a T Cell Receptor
Item | Info |
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PDB | 5fk9 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.1Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV22/TRAJ40 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Protein |
Antigen Organism | STAPHYLOCOCCUS AUREUS |
Antigen Sequence | SEKSEEINEKDLRKKSELQGTALGNLKQIYYYNEKAKTENKESHDQALQHTILFKGFFTDHSWYNDLLVDFDSKDIVDKYKGKKVDLYGAYYGYQCAGGTPNKTACMYGGVTLHDNNRLTEEKKVPINLWLDGKQNTVPLETVKTNKKNVTVQELDLQARRYLQEKYNLYNSDVFDGKVQRGLIVFHTSTEPSVNYDLFGAQGQYSNTLLRIYRDNKTINSENMHIDIYLYTS |
Antigen Length | 233 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLGGYEQY | None | 10 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
CDRA3 | AVDSATSGTYKYI | None | 13 |
CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
Angle | Value |
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BC2 | 104.25° |
BC1 | 70.45° |
BA | -53.74° |
AC2 | 83.05° |
AC1 | 125.59° |
dc | 16.11Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6vth_ED | 102.44° | 71.68° | -55.01° | 83.15° | 126.50° | 17.31Å | 2.9 |
5yxu_GF | 103.74° | 70.63° | -55.17° | 80.81° | 126.54° | 16.23Å | 2.9 |
6rpb_TS | 103.90° | 70.20° | -55.75° | 81.00° | 125.38° | 17.10Å | 3.1 |
8dnt_WV | 106.15° | 70.61° | -55.96° | 82.31° | 126.02° | 16.99Å | 3.2 |
5yxu_BA | 103.19° | 70.02° | -55.97° | 81.28° | 127.13° | 16.34Å | 3.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.1 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 5.7 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.9 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 7.1 |
4qth_AB | 111.26° | 70.26° | -51.98° | 83.39° | 123.62° | 16.07Å | 7.5 |