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1E6 TCR in complex with HLA-A02 Carrying aqwgpdpaaa
Item | Info |
---|---|
PDB | 5hyj |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.06Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | AQWGPDPAAA |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLWEKLAKNIQY | None | 14 |
CDRB2 | FNNNVP | None | 6 |
CDRB1 | SGHDY | None | 5 |
CDRA3 | AMRGDSSYKLI | None | 11 |
CDRA2 | TYSSGN | A2-6-B | 6 |
CDRA1 | NSAFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.27° |
BC1 | 76.96° |
BA | -68.23° |
AC2 | 75.03° |
AC1 | 121.66° |
dc | 15.75Å |
Docking angle | 43.27° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3utp_ED | 106.67° | 75.56° | -65.45° | 75.52° | 123.14° | 16.18Å | 3.6 |
6v19_ED | 105.65° | 74.64° | -66.44° | 75.45° | 119.48° | 16.51Å | 4.1 |
6v1a_ED | 105.38° | 74.47° | -66.72° | 75.16° | 119.27° | 16.59Å | 4.3 |
6v18_ED | 105.35° | 73.95° | -67.76° | 74.67° | 119.14° | 16.34Å | 4.4 |
2j8u_FE | 108.31° | 74.02° | -66.29° | 74.42° | 123.85° | 16.69Å | 4.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 4.6 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 5.4 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.5 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.9 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 7.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | AQWGPDPAAA |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLWEKLAKNIQY | None | 14 |
CDRB2 | FNNNVP | None | 6 |
CDRB1 | SGHDY | None | 5 |
CDRA3 | AMRGDSSYKLI | None | 11 |
CDRA2 | TYSSGN | A2-6-B | 6 |
CDRA1 | NSAFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.54° |
BC1 | 76.40° |
BA | -68.64° |
AC2 | 76.29° |
AC1 | 121.84° |
dc | 15.69Å |
Docking angle | 48.47° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3utp_ED | 106.67° | 75.56° | -65.45° | 75.52° | 123.14° | 16.18Å | 3.8 |
6v19_ED | 105.65° | 74.64° | -66.44° | 75.45° | 119.48° | 16.51Å | 4.3 |
4ei6_BA | 106.30° | 73.06° | -66.76° | 77.49° | 121.19° | 16.33Å | 4.3 |
2jcc_FE | 109.08° | 74.58° | -66.28° | 75.05° | 124.04° | 16.62Å | 4.3 |
7n2r_FD | 106.69° | 73.45° | -65.69° | 76.71° | 121.10° | 15.81Å | 4.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 5.0 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 5.2 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.0 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 7.1 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.2 |