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Crystal Structure of Ls01-TCR/M1-HLA-A*02 complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5isz |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.06Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV24/TRAJ27 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | INFLUENZA A VIRUS |
| Antigen Sequence | GILGFVFTL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSIFGQREQY | None | 11 |
| CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
| CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
| CDRA3 | AFDTNAGKST | None | 10 |
| CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
| CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.79° |
| BC1 | 67.87° |
| BA | -58.06° |
| AC2 | 77.25° |
| AC1 | 126.90° |
| dc | 17.65Å |
| Docking angle | 56.00° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6c09_DC | 104.72° | 69.41° | -59.07° | 75.75° | 126.51° | 16.63Å | 2.8 |
| 2ial_DC | 105.06° | 67.49° | -56.65° | 76.31° | 125.24° | 16.47Å | 3.0 |
| 2p1y_Ac | 103.78° | 71.14° | -59.22° | 76.19° | 126.48° | 17.18Å | 3.7 |
| 2p1y_Ca | 103.29° | 71.37° | -59.08° | 76.12° | 126.47° | 17.20Å | 3.9 |
| 6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 3.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.9 |
| 2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 9.7 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.9 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.9 |