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Crystal Structure of 1406 TCR Bound to HLA-A2 with Hcv 1406-1415 antigen Peptide
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5jzi |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.5Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ30 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HEPATITIS C VIRUS |
| Antigen Sequence | KLVALGINAV |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRRGPYEQY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
| CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
| CDRA3 | AYGEDDKII | None | 9 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESDYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.19° |
| BC1 | 72.02° |
| BA | -56.92° |
| AC2 | 81.33° |
| AC1 | 126.33° |
| dc | 16.63Å |
| Docking angle | 30.43° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6dfx_JI | 101.90° | 71.93° | -57.72° | 82.26° | 125.04° | 16.30Å | 1.8 |
| 6vth_BA | 102.74° | 71.64° | -57.94° | 81.95° | 125.13° | 17.18Å | 1.9 |
| 2e7l_DA | 103.46° | 72.58° | -58.01° | 82.08° | 125.57° | 16.65Å | 2.1 |
| 6jxr_nm | 102.17° | 73.31° | -56.70° | 81.49° | 124.59° | 16.87Å | 2.2 |
| 5yxn_BA | 103.61° | 72.46° | -58.14° | 80.52° | 125.75° | 16.26Å | 2.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.0 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.5 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.6 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.8 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 8.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ30 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HEPATITIS C VIRUS |
| Antigen Sequence | KLVALGINAV |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRRGPYEQY | None | 10 |
| CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
| CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
| CDRA3 | AYGEDDKII | None | 9 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESDYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.64° |
| BC1 | 71.67° |
| BA | -57.46° |
| AC2 | 81.83° |
| AC1 | 125.91° |
| dc | 16.54Å |
| Docking angle | 31.85° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2e7l_DA | 103.46° | 72.58° | -58.01° | 82.08° | 125.57° | 16.65Å | 1.2 |
| 6vth_BA | 102.74° | 71.64° | -57.94° | 81.95° | 125.13° | 17.18Å | 1.4 |
| 5yxn_BA | 103.61° | 72.46° | -58.14° | 80.52° | 125.75° | 16.26Å | 1.7 |
| 6vrm_ED | 103.62° | 72.56° | -58.21° | 82.07° | 124.91° | 17.13Å | 1.7 |
| 7n6e_JI | 103.86° | 72.36° | -56.32° | 81.13° | 124.97° | 16.31Å | 1.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.1 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.2 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.5 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.6 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.6 |