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Crystal Structure of Murine P14 TCR complex with H-2Db and Y4a, Modified Gp33 Peptide From Lcmv
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5m00 |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 1.95Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ48 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | P |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
| Antigen Sequence | KAVANFATM |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-D1b |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDAGGRNTLY | None | 12 |
| CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
| CDRA3 | AALYGNEKIT | None | 10 |
| CDRA2 | ILSVSDK | None | 7 |
| CDRA1 | DSTFNY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.73° |
| BC1 | 72.66° |
| BA | -66.26° |
| AC2 | 73.27° |
| AC1 | 127.19° |
| dc | 16.70Å |
| Docking angle | 42.56° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6g9q_HG | 105.83° | 72.82° | -66.70° | 73.31° | 126.81° | 16.80Å | 0.6 |
| 5m01_HG | 104.90° | 73.05° | -67.01° | 73.42° | 126.75° | 16.70Å | 1.3 |
| 5m02_HG | 104.84° | 73.41° | -67.56° | 72.98° | 126.46° | 16.68Å | 1.9 |
| 3mff_BA | 106.92° | 71.88° | -68.46° | 73.85° | 127.42° | 16.76Å | 2.7 |
| 6v15_ED | 106.35° | 73.80° | -66.28° | 73.55° | 124.64° | 16.63Å | 2.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.8 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 7.3 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 8.1 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.6 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 9.2 |