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Human Leukocyte antigen a02 Presenting Ilakflhwl, in complex with Cognate T-Cell Receptor
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5men |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.81Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV22/TRAJ40 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | ILAKFLHWL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYQGTEAF | None | 10 |
| CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVDSATSGTYKYI | None | 13 |
| CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
| CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.47° |
| BC1 | 71.74° |
| BA | -49.32° |
| AC2 | 86.57° |
| AC1 | 122.36° |
| dc | 15.97Å |
| Docking angle | 40.82° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5fka_BA | 103.41° | 72.55° | -49.57° | 85.03° | 124.03° | 15.76Å | 2.6 |
| 5brz_ED | 101.38° | 70.91° | -46.16° | 86.76° | 123.99° | 16.21Å | 3.8 |
| 2bnr_ED | 99.46° | 70.52° | -47.45° | 87.20° | 123.24° | 16.92Å | 4.0 |
| 5bs0_ED | 101.94° | 71.33° | -45.62° | 87.50° | 124.02° | 16.22Å | 4.2 |
| 3axl_HG | 99.51° | 70.17° | -48.53° | 88.24° | 124.46° | 17.11Å | 4.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.3 |
| 1cfn_BA | 107.76° | 67.31° | -50.48° | 85.90° | 120.10° | 16.45Å | 7.4 |
| 1cft_BA | 107.61° | 67.68° | -51.49° | 84.71° | 119.99° | 16.31Å | 7.5 |
| 1bog_BA | 107.87° | 66.84° | -51.21° | 85.76° | 120.10° | 16.36Å | 7.9 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.3 |