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Crystal Structure of PHLA-B35 in complex with Tu55 T Cell Receptor
Item | Info |
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PDB | 5xot |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.787Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | / |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen Sequence | IPLTEEAEL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*3501 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASRTRGGTLIEQY | None | 13 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | ALGEGGAQKLV | None | 11 |
CDRA2 | QGSDEQN | None | 7 |
CDRA1 | TSWWSYY | None | 7 |
Angle | Value |
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BC2 | 103.53° |
BC1 | 74.48° |
BA | -59.72° |
AC2 | 82.14° |
AC1 | 119.37° |
dc | 15.38Å |
Docking angle | 41.67° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6bj3_HD | 103.76° | 75.27° | -60.35° | 83.03° | 118.94° | 15.41Å | 1.4 |
6bj8_HD | 102.52° | 75.02° | -60.62° | 83.20° | 118.51° | 15.46Å | 2.0 |
5nmf_ED | 105.02° | 75.52° | -60.22° | 81.31° | 119.71° | 15.44Å | 2.1 |
5nmg_JI | 105.93° | 75.84° | -59.97° | 82.23° | 119.89° | 15.38Å | 2.8 |
5nme_JI | 105.68° | 76.02° | -61.00° | 81.69° | 119.86° | 15.53Å | 3.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 6.6 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 6.7 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.9 |
5cgy_CD | 109.77° | 75.09° | -62.72° | 83.50° | 117.84° | 15.41Å | 7.2 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.3 |