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TCR 8F10 in complex with Iag7-P8G9E
Item | Info |
---|---|
PDB | 6dfw |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.2Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV5/TRAJ53 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AAd / H2-AB-NOD |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGLGGDEQY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AASRRGSGGSNYKLT | None | 15 |
CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.30° |
BC1 | 70.29° |
BA | -58.74° |
AC2 | 73.73° |
AC1 | 127.12° |
dc | 17.20Å |
Docking angle | 49.61° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5w1v_TS | 107.45° | 71.42° | -56.95° | 73.48° | 128.04° | 16.54Å | 2.4 |
3tjh_DC | 106.75° | 68.71° | -59.08° | 75.44° | 127.99° | 17.46Å | 2.6 |
5w1w_ON | 107.00° | 70.84° | -56.72° | 73.12° | 128.77° | 16.58Å | 2.8 |
6dfv_BA | 105.57° | 72.04° | -60.73° | 73.52° | 127.09° | 16.69Å | 3.2 |
8dv4_ED | 105.50° | 68.87° | -60.12° | 75.02° | 128.76° | 17.69Å | 3.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.1 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.6 |
2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 9.2 |
4x4y_CD | 112.91° | 73.65° | -61.15° | 79.25° | 124.76° | 15.70Å | 9.3 |
2adf_HL | 113.58° | 69.32° | -58.51° | 79.47° | 123.32° | 16.19Å | 9.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV5/TRAJ53 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AAd / H2-AB-NOD |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
|
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGLGGDEQY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AASRRGSGGSNYKLT | None | 15 |
CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.05° |
BC1 | 70.11° |
BA | -60.64° |
AC2 | 72.85° |
AC1 | 125.63° |
dc | 17.16Å |
Docking angle | 49.67° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6dfv_BA | 105.57° | 72.04° | -60.73° | 73.52° | 127.09° | 16.69Å | 3.0 |
5e6i_HG | 109.32° | 70.63° | -61.83° | 71.75° | 124.34° | 17.06Å | 3.1 |
6dfv_DC | 106.55° | 72.57° | -61.59° | 73.16° | 127.23° | 16.47Å | 3.2 |
5e6i_QP | 109.25° | 70.24° | -60.47° | 72.87° | 123.00° | 17.20Å | 3.4 |
2xn9_BA | 105.51° | 72.32° | -61.82° | 74.17° | 124.46° | 16.45Å | 3.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.4 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.5 |
5kte_HL | 112.24° | 69.79° | -60.09° | 77.74° | 119.92° | 16.52Å | 9.2 |
4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 9.2 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 9.4 |