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Crystal Structure of the T-Cell Receptor Nye_S3 Bound to Hla a2*01-Sllmwitqv
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6rp9 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.12Å |
| Number of TCRs | 3 |
This PDB has 3 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ49 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSSPGGVSTEAF | None | 13 |
| CDRB2 | FNYEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | ALTRGPGNQFY | None | 11 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.04° |
| BC1 | 70.63° |
| BA | -52.14° |
| AC2 | 77.43° |
| AC1 | 123.13° |
| dc | 16.73Å |
| Docking angle | 67.27° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2ak4_ED | 102.11° | 71.38° | -53.33° | 76.15° | 122.60° | 16.24Å | 2.2 |
| 2ak4_UT | 103.37° | 72.39° | -51.01° | 76.50° | 123.50° | 16.10Å | 2.4 |
| 2ak4_JI | 101.70° | 71.88° | -53.24° | 76.45° | 122.20° | 16.27Å | 2.6 |
| 3kxf_PN | 103.18° | 71.96° | -49.57° | 76.28° | 122.83° | 16.19Å | 3.2 |
| 3kxf_OM | 101.60° | 72.68° | -53.07° | 76.04° | 122.32° | 16.17Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.1 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 7.3 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.3 |
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.3 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ49 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSSPGGVSTEAF | None | 13 |
| CDRB2 | FNYEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | ALTRGPGNQFY | None | 11 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.58° |
| BC1 | 70.72° |
| BA | -51.57° |
| AC2 | 77.72° |
| AC1 | 123.05° |
| dc | 16.75Å |
| Docking angle | 64.20° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2ak4_UT | 103.37° | 72.39° | -51.01° | 76.50° | 123.50° | 16.10Å | 2.3 |
| 2ak4_ED | 102.11° | 71.38° | -53.33° | 76.15° | 122.60° | 16.24Å | 2.9 |
| 3kxf_PN | 103.18° | 71.96° | -49.57° | 76.28° | 122.83° | 16.19Å | 2.9 |
| 2ak4_JI | 101.70° | 71.88° | -53.24° | 76.45° | 122.20° | 16.27Å | 3.2 |
| 2ak4_PN | 103.72° | 72.78° | -49.18° | 77.02° | 123.05° | 16.06Å | 3.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.7 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.7 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.9 |
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.3 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | L |
| VA chain | K |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ49 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | L | FASTA file |
|
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| VA | K | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSSPGGVSTEAF | None | 13 |
| CDRB2 | FNYEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | ALTRGPGNQFY | None | 11 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.10° |
| BC1 | 68.62° |
| BA | -47.13° |
| AC2 | 78.69° |
| AC1 | 128.90° |
| dc | 17.46Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2vlj_ED | 101.90° | 68.47° | -48.75° | 79.76° | 127.73° | 17.22Å | 2.6 |
| 2vlk_ED | 102.53° | 68.22° | -50.04° | 80.54° | 127.47° | 17.33Å | 3.8 |
| 2vlr_JI | 102.60° | 68.26° | -50.48° | 80.59° | 128.66° | 17.58Å | 3.9 |
| 8eo8_JI | 99.78° | 66.91° | -47.34° | 81.05° | 128.79° | 17.46Å | 4.4 |
| 8enh_JI | 100.05° | 66.85° | -46.52° | 81.14° | 129.31° | 17.53Å | 4.4 |