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Crystal Structure of the T-Cell Receptor Nye_S2 Bound to Hla a2*01-Sllmwitqv
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6rpa |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.56Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV29/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV3/TRAJ28 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SVGGSGGADTQY | None | 12 |
| CDRB2 | ANQGSEA | None | 7 |
| CDRB1 | SQVTM | None | 5 |
| CDRA3 | AVRDINSGAGSYQLT | None | 15 |
| CDRA2 | YITGDNLV | None | 8 |
| CDRA1 | VSGNPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.31° |
| BC1 | 73.31° |
| BA | -58.15° |
| AC2 | 80.86° |
| AC1 | 127.64° |
| dc | 17.41Å |
| Docking angle | 73.25° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5jzi_ED | 102.19° | 72.02° | -56.92° | 81.33° | 126.33° | 16.63Å | 2.4 |
| 5yxn_BA | 103.61° | 72.46° | -58.14° | 80.52° | 125.75° | 16.26Å | 2.7 |
| 2e7l_DA | 103.46° | 72.58° | -58.01° | 82.08° | 125.57° | 16.65Å | 2.9 |
| 2eyt_BA | 104.12° | 72.35° | -58.29° | 81.38° | 129.49° | 16.87Å | 2.9 |
| 4qrp_ED | 101.66° | 74.29° | -56.57° | 79.64° | 125.83° | 16.91Å | 3.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.2 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.5 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.7 |