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Molecular Basis For Tumor infiltrating TCR Recognition of Hotspot Kras-G12D Mutation
Item | Info |
---|---|
PDB | 6uon |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.5Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV10/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | F |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GADGVGKSAL |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | D | E |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-C*0802 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDPGTEAF | None | 10 |
CDRB2 | SAAADI | None | 6 |
CDRB1 | WSHSY | None | 5 |
CDRA3 | AAAMDSSYKLI | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.29° |
BC1 | 69.18° |
BA | -54.13° |
AC2 | 77.37° |
AC1 | 123.31° |
dc | 16.49Å |
Docking angle | 68.72° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6am5_ED | 105.95° | 69.43° | -54.24° | 78.09° | 121.92° | 16.27Å | 2.1 |
3qeu_ED | 108.64° | 69.37° | -53.93° | 75.82° | 122.42° | 16.65Å | 2.3 |
7q9b_ED | 106.42° | 70.13° | -55.86° | 77.50° | 122.50° | 16.18Å | 2.3 |
6amu_ED | 105.30° | 68.73° | -54.79° | 79.13° | 122.23° | 16.29Å | 3.0 |
3qdg_ED | 105.95° | 69.72° | -55.67° | 78.72° | 121.20° | 16.13Å | 3.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 4.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.6 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 5.9 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.1 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 6.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV10/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GADGVGKSAL |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-C*0802 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDPGTEAF | None | 10 |
CDRB2 | SAAADI | None | 6 |
CDRB1 | WSHSY | None | 5 |
CDRA3 | AAAMDSSYKLI | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.43° |
BC1 | 70.48° |
BA | -52.56° |
AC2 | 77.50° |
AC1 | 121.87° |
dc | 16.26Å |
Docking angle | 63.85° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6am5_ED | 105.95° | 69.43° | -54.24° | 78.09° | 121.92° | 16.27Å | 2.5 |
3qeu_ED | 108.64° | 69.37° | -53.93° | 75.82° | 122.42° | 16.65Å | 2.8 |
4l3e_ED | 105.62° | 70.06° | -53.59° | 79.99° | 121.11° | 16.22Å | 3.4 |
7q9b_ED | 106.42° | 70.13° | -55.86° | 77.50° | 122.50° | 16.18Å | 3.5 |
3qdg_ED | 105.95° | 69.72° | -55.67° | 78.72° | 121.20° | 16.13Å | 3.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 3.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 4.8 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.4 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 6.3 |
4k4m_IM | 111.85° | 70.81° | -54.30° | 81.38° | 119.85° | 16.32Å | 6.5 |