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T Cell Receptor-P53-HLA-A2 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 6vqo |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | HMTEVVRHC |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSIQQGADTQY | None | 12 |
CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AMSGLKEDSSYKLI | None | 14 |
CDRA2 | TYSSGN | A2-6-B | 6 |
CDRA1 | NSAFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 101.63° |
BC1 | 71.54° |
BA | -58.26° |
AC2 | 77.26° |
AC1 | 121.24° |
dc | 16.62Å |
Docking angle | 30.04° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6uz1_JI | 103.24° | 72.55° | -60.29° | 76.44° | 122.02° | 16.41Å | 3.0 |
3qdm_ED | 102.30° | 71.90° | -57.58° | 76.51° | 124.15° | 16.66Å | 3.2 |
6zky_ED | 102.45° | 69.15° | -57.45° | 75.09° | 120.34° | 16.56Å | 3.5 |
1g6r_DC | 104.52° | 72.37° | -60.12° | 78.00° | 121.40° | 16.31Å | 3.6 |
4pjc_FE | 102.47° | 72.37° | -59.74° | 79.13° | 123.72° | 16.65Å | 3.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.9 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.0 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.3 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 9.3 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 9.6 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | H |
VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | HMTEVVRHC |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | H | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSIQQGADTQY | None | 12 |
CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AMSGLKEDSSYKLI | None | 14 |
CDRA2 | TYSSGN | A2-6-B | 6 |
CDRA1 | NSAFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 101.18° |
BC1 | 71.88° |
BA | -57.78° |
AC2 | 76.45° |
AC1 | 121.32° |
dc | 16.65Å |
Docking angle | 28.58° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3qdm_ED | 102.30° | 71.90° | -57.58° | 76.51° | 124.15° | 16.66Å | 3.1 |
6uz1_JI | 103.24° | 72.55° | -60.29° | 76.44° | 122.02° | 16.41Å | 3.4 |
6zky_ED | 102.45° | 69.15° | -57.45° | 75.09° | 120.34° | 16.56Å | 3.5 |
6zkw_ED | 103.08° | 69.33° | -56.66° | 75.38° | 120.94° | 16.63Å | 3.6 |
3mv9_ED | 101.77° | 75.07° | -59.09° | 75.92° | 121.92° | 16.08Å | 3.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.3 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.8 |