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Crystal Structure of Sn45 TCR in complex with Lipopeptide-Bound Mamu-B*05104
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 7byd |
| Organism | MACACA MULATTA |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.80003Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV4/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS |
| Antigen Sequence | GGAI |
| Antigen Length | 4 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-G*0101:HLA-C*0636 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSQDLGAGEVYEQY | None | 15 |
| CDRB2 | YNNKEP | None | 6 |
| CDRB1 | LGHNA | None | 5 |
| CDRA3 | LVGGGGYVLT | None | 10 |
| CDRA2 | GYKAN | None | 5 |
| CDRA1 | DIATSDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.28° |
| BC1 | 72.10° |
| BA | -62.40° |
| AC2 | 91.36° |
| AC1 | 127.86° |
| dc | 17.61Å |
| Docking angle | 37.43° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7ndt_ED | 107.81° | 73.60° | -63.54° | 93.10° | 128.98° | 17.20Å | 3.2 |
| 7ndt_JI | 108.10° | 73.44° | -65.10° | 92.34° | 128.92° | 17.26Å | 3.8 |
| 2esv_ED | 107.82° | 72.93° | -61.63° | 93.92° | 130.54° | 17.31Å | 4.2 |
| 6p64_ED | 105.19° | 73.85° | -60.25° | 88.96° | 125.74° | 17.04Å | 4.4 |
| 7n5c_ED | 105.57° | 71.00° | -59.85° | 87.94° | 130.75° | 17.78Å | 5.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.9 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV4/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS |
| Antigen Sequence | GGAI |
| Antigen Length | 4 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-G*0101:HLA-C*0636 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSQDLGAGEVYEQY | None | 15 |
| CDRB2 | YNNKEP | None | 6 |
| CDRB1 | LGHNA | None | 5 |
| CDRA3 | LVGGGGYVLT | None | 10 |
| CDRA2 | GYKAN | None | 5 |
| CDRA1 | DIATSDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.07° |
| BC1 | 72.70° |
| BA | -61.58° |
| AC2 | 89.23° |
| AC1 | 128.67° |
| dc | 17.41Å |
| Docking angle | 30.51° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7n5c_ED | 105.57° | 71.00° | -59.85° | 87.94° | 130.75° | 17.78Å | 3.5 |
| 6p64_ED | 105.19° | 73.85° | -60.25° | 88.96° | 125.74° | 17.04Å | 3.6 |
| 1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 4.7 |
| 5wjo_BA | 103.73° | 72.38° | -59.28° | 86.74° | 131.09° | 17.19Å | 4.8 |
| 7ndt_ED | 107.81° | 73.60° | -63.54° | 93.10° | 128.98° | 17.20Å | 4.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 9.0 |
| 2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 9.2 |
| 3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 9.6 |
| 4lsv_HL | 112.42° | 71.79° | -57.42° | 87.34° | 123.18° | 16.92Å | 9.6 |
| 2w65_AB | 112.61° | 73.10° | -59.37° | 85.00° | 123.28° | 16.61Å | 9.8 |