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Crystal Structure of Sn45 TCR in complex with Lipopeptide-Bound Mamu-B*05104
Item | Info |
---|---|
PDB | 7byd |
Organism | MACACA MULATTA |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.80003Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ6 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS |
Antigen Sequence | GGAI |
Antigen Length | 4 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-G*0101:HLA-C*0636 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSQDLGAGEVYEQY | None | 15 |
CDRB2 | YNNKEP | None | 6 |
CDRB1 | LGHNA | None | 5 |
CDRA3 | LVGGGGYVLT | None | 10 |
CDRA2 | GYKAN | None | 5 |
CDRA1 | DIATSDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.28° |
BC1 | 72.10° |
BA | -62.40° |
AC2 | 91.36° |
AC1 | 127.86° |
dc | 17.61Å |
Docking angle | 37.43° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7ndt_ED | 107.81° | 73.60° | -63.54° | 93.10° | 128.98° | 17.20Å | 3.2 |
7ndt_JI | 108.10° | 73.44° | -65.10° | 92.34° | 128.92° | 17.26Å | 3.8 |
2esv_ED | 107.82° | 72.93° | -61.63° | 93.92° | 130.54° | 17.31Å | 4.2 |
6p64_ED | 105.19° | 73.85° | -60.25° | 88.96° | 125.74° | 17.04Å | 4.4 |
7n5c_ED | 105.57° | 71.00° | -59.85° | 87.94° | 130.75° | 17.78Å | 5.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.9 |
Item | Info |
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VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ6 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS |
Antigen Sequence | GGAI |
Antigen Length | 4 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-G*0101:HLA-C*0636 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQDLGAGEVYEQY | None | 15 |
CDRB2 | YNNKEP | None | 6 |
CDRB1 | LGHNA | None | 5 |
CDRA3 | LVGGGGYVLT | None | 10 |
CDRA2 | GYKAN | None | 5 |
CDRA1 | DIATSDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.07° |
BC1 | 72.70° |
BA | -61.58° |
AC2 | 89.23° |
AC1 | 128.67° |
dc | 17.41Å |
Docking angle | 30.51° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7n5c_ED | 105.57° | 71.00° | -59.85° | 87.94° | 130.75° | 17.78Å | 3.5 |
6p64_ED | 105.19° | 73.85° | -60.25° | 88.96° | 125.74° | 17.04Å | 3.6 |
1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 4.7 |
5wjo_BA | 103.73° | 72.38° | -59.28° | 86.74° | 131.09° | 17.19Å | 4.8 |
7ndt_ED | 107.81° | 73.60° | -63.54° | 93.10° | 128.98° | 17.20Å | 4.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 9.0 |
2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 9.2 |
3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 9.6 |
4lsv_HL | 112.42° | 71.79° | -57.42° | 87.34° | 123.18° | 16.92Å | 9.6 |
2w65_AB | 112.61° | 73.10° | -59.37° | 85.00° | 123.28° | 16.61Å | 9.8 |