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Crystal Structure of B17.R2 TCR in complex with H2D-B-Np366
Item | Info |
---|---|
PDB | 7jwi |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.02Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV17/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ15 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | INFLUENZA A VIRUS |
Antigen Sequence | ASNENMETM |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse; human |
MHC IMGT details | H2-D1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSRDLGRDTQY | None | 12 |
CDRB2 | YYDKIL | None | 6 |
CDRB1 | MNHDT | None | 5 |
CDRA3 | AASETSGSWQLI | None | 12 |
CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.83° |
BC1 | 72.70° |
BA | -70.72° |
AC2 | 73.61° |
AC1 | 121.98° |
dc | 16.76Å |
Docking angle | 52.78° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5swz_JI | 101.31° | 73.66° | -71.00° | 74.12° | 121.61° | 16.68Å | 1.9 |
5swz_TS | 102.55° | 72.71° | -73.06° | 73.13° | 121.22° | 16.92Å | 2.5 |
5d7l_ED | 101.37° | 72.18° | -70.30° | 75.68° | 121.34° | 16.81Å | 2.7 |
5swz_ED | 102.97° | 72.96° | -69.53° | 75.98° | 122.86° | 16.87Å | 2.8 |
5swz_ON | 102.92° | 72.97° | -69.95° | 76.37° | 122.18° | 16.87Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 4.7 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.0 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 6.2 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.7 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 8.5 |