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Structure of the H2Db-TCR Ternary complex with Hsf2 Melanoma Neoantigen
Item | Info |
---|---|
PDB | 7na5 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV7/TRAJ21 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen Sequence | YGFRNVVHI |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human; mouse |
MHC IMGT details | H2-D1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSQEPGGYAEQF | None | 13 |
CDRB2 | YSYQKL | None | 6 |
CDRB1 | LGHNA | None | 5 |
CDRA3 | AVSNYNVLY | None | 9 |
CDRA2 | IFSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRNSQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.65° |
BC1 | 72.03° |
BA | -60.43° |
AC2 | 77.41° |
AC1 | 125.33° |
dc | 16.45Å |
Docking angle | 57.45° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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2nx5_ED | 108.26° | 71.73° | -60.30° | 78.17° | 124.77° | 16.81Å | 1.2 |
8dnt_PM | 107.67° | 71.80° | -59.96° | 78.60° | 124.64° | 16.70Å | 1.5 |
8dnt_IH | 107.67° | 72.60° | -59.28° | 77.90° | 124.75° | 16.64Å | 1.5 |
4ms8_DC | 108.26° | 71.77° | -62.08° | 77.59° | 124.79° | 16.51Å | 1.9 |
4g8e_BA | 106.67° | 72.72° | -60.52° | 77.51° | 123.85° | 16.52Å | 1.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 6.3 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.4 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 6.5 |
4osu_HL | 113.36° | 71.18° | -59.13° | 79.75° | 123.24° | 15.69Å | 6.7 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.8 |