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Crystal Structure of Jdi TCR in complex with HLA-A*11:01 Bound to Kras G12D Peptide (Vvvgadgvgk)
Item | Info |
---|---|
PDB | 7pb2 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.41Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV19/TRAJ28 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VVVGADGVGK |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSYGPGQHNSPLH | None | 14 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | ALSGPSGAGSYQLT | None | 14 |
CDRA2 | RNSFDEQN | None | 8 |
CDRA1 | TRDTTYY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.19° |
BC1 | 73.44° |
BA | -57.08° |
AC2 | 77.02° |
AC1 | 125.99° |
dc | 16.87Å |
Docking angle | 44.48° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6tro_ED | 101.60° | 73.22° | -56.62° | 75.68° | 125.70° | 17.35Å | 2.2 |
7ea6_ED | 102.04° | 74.95° | -55.85° | 77.35° | 124.96° | 16.22Å | 2.6 |
3qdm_ED | 102.30° | 71.90° | -57.58° | 76.51° | 124.15° | 16.66Å | 2.7 |
5iw1_FE | 102.75° | 72.60° | -57.69° | 79.29° | 125.17° | 17.16Å | 2.7 |
7ow5_ED | 102.88° | 72.70° | -58.86° | 79.21° | 125.23° | 17.12Å | 3.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.8 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.0 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.4 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.5 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV19/TRAJ28 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VVVGADGVGK |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSYGPGQHNSPLH | None | 14 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | ALSGPSGAGSYQLT | None | 14 |
CDRA2 | RNSFDEQN | None | 8 |
CDRA1 | TRDTTYY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.13° |
BC1 | 73.39° |
BA | -57.79° |
AC2 | 76.91° |
AC1 | 125.64° |
dc | 16.86Å |
Docking angle | 44.49° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3qdm_ED | 102.30° | 71.90° | -57.58° | 76.51° | 124.15° | 16.66Å | 2.3 |
6tro_ED | 101.60° | 73.22° | -56.62° | 75.68° | 125.70° | 17.35Å | 2.3 |
5iw1_FE | 102.75° | 72.60° | -57.69° | 79.29° | 125.17° | 17.16Å | 2.6 |
2p1y_Ca | 103.29° | 71.37° | -59.08° | 76.12° | 126.47° | 17.20Å | 2.7 |
7ow5_ED | 102.88° | 72.70° | -58.86° | 79.21° | 125.23° | 17.12Å | 2.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.2 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.6 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.9 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.9 |