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Crystal Structure of C3 TCR complex with Qw9-Bound HLA-B*5301
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 7r80 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.9Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV21/TRAJ15 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | E |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HIV-1 06TG.HT008 |
| Antigen Sequence | QASQEVKNW |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*5301 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYGTGINYGYT | None | 13 |
| CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AQLNQAGTALI | None | 11 |
| CDRA2 | IQSSQRE | None | 7 |
| CDRA1 | DSAIYN | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 100.45° |
| BC1 | 70.33° |
| BA | -56.65° |
| AC2 | 80.08° |
| AC1 | 121.79° |
| dc | 16.21Å |
| Docking angle | 17.59° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3vxr_ED | 101.24° | 72.51° | -56.96° | 80.94° | 120.91° | 15.73Å | 2.7 |
| 4udu_BA | 102.41° | 72.02° | -57.03° | 81.05° | 122.79° | 15.65Å | 3.0 |
| 7n6e_HG | 102.63° | 71.19° | -56.97° | 81.44° | 123.69° | 16.62Å | 3.3 |
| 7amr_BA | 100.70° | 72.13° | -55.83° | 80.70° | 124.34° | 16.62Å | 3.3 |
| 3h9s_ED | 99.13° | 70.40° | -55.69° | 81.09° | 124.49° | 16.87Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.4 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.0 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.9 |
| 3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 9.2 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 10.0 |