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Ylq-Sg3 TCR in complex with Sars-Cov-2 Spike-Derived Peptide S269-277 (Ylqprtfll) Presented By HLA-A*02:01
Item | Info |
---|---|
PDB | 7rtr |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.6Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ30 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
Antigen Sequence | YLQPRTFLL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSPDIEQY | None | 9 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
CDRA3 | AVNRDDKII | None | 9 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.39° |
BC1 | 73.05° |
BA | -56.94° |
AC2 | 79.32° |
AC1 | 123.14° |
dc | 16.23Å |
Docking angle | 42.98° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7pbe_ED | 106.19° | 72.72° | -57.80° | 79.41° | 123.62° | 16.51Å | 1.3 |
7qpj_BA | 105.05° | 71.98° | -56.60° | 79.00° | 123.72° | 16.44Å | 1.4 |
5wkh_ED | 104.74° | 73.45° | -57.91° | 78.59° | 123.55° | 15.95Å | 1.5 |
7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 1.5 |
5wkh_JI | 104.42° | 73.63° | -57.81° | 79.10° | 123.79° | 15.88Å | 1.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.9 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 6.3 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 6.4 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 6.8 |