Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Ylq-Sg3 TCR in complex with Sars-Cov-2 Spike-Derived Peptide S269-277 (Ylqprtfll) Presented By HLA-A*02:01
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 7rtr |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.6Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ30 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
| Antigen Sequence | YLQPRTFLL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSPDIEQY | None | 9 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
| CDRA3 | AVNRDDKII | None | 9 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.39° |
| BC1 | 73.05° |
| BA | -56.94° |
| AC2 | 79.32° |
| AC1 | 123.14° |
| dc | 16.23Å |
| Docking angle | 42.98° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7pbe_ED | 106.19° | 72.72° | -57.80° | 79.41° | 123.62° | 16.51Å | 1.3 |
| 7qpj_BA | 105.05° | 71.98° | -56.60° | 79.00° | 123.72° | 16.44Å | 1.4 |
| 5wkh_ED | 104.74° | 73.45° | -57.91° | 78.59° | 123.55° | 15.95Å | 1.5 |
| 7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 1.5 |
| 5wkh_JI | 104.42° | 73.63° | -57.81° | 79.10° | 123.79° | 15.88Å | 1.6 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.9 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.9 |
| 3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 6.3 |
| 3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 6.4 |
| 4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 6.8 |