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the complex Between Public TCR Td08 and HLA-A24 Bound to Hiv-1 Nef138-8 (2F) Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 8gvg |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.37Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV8/TRAJ10 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HIV WHOLE-GENOME VECTOR AA1305#18 |
Antigen Sequence | RFPLTFGW |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
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MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSDRDRVPETQY | None | 13 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
CDRA3 | AVGFTGGGNKLT | None | 12 |
CDRA2 | YFSGDTLV | None | 8 |
CDRA1 | YGATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.75° |
BC1 | 74.24° |
BA | -56.89° |
AC2 | 83.92° |
AC1 | 122.48° |
dc | 15.74Å |
Docking angle | 55.86° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4jff_ED | 100.97° | 74.58° | -56.50° | 83.52° | 121.39° | 15.61Å | 1.3 |
8gvi_BA | 100.87° | 74.88° | -55.91° | 84.26° | 123.58° | 15.85Å | 1.6 |
4jfd_ED | 100.82° | 74.44° | -56.42° | 83.45° | 121.04° | 15.72Å | 1.6 |
6tmo_ED | 100.72° | 75.28° | -56.86° | 83.49° | 121.07° | 15.58Å | 1.8 |
8gvb_BA | 99.60° | 73.97° | -56.72° | 82.64° | 122.55° | 15.61Å | 1.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.1 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 9.1 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.2 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 9.3 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 10.0 |