Job ID: example_job
Finished: 01/01/2024 00:00:00
PDB heavy chain ID: H
PDB light chain ID: L
The tables below compare the original heavy and light CDR sequences from the input structure with the AntiFold output sequences (Seq N). Differing residues are highlighted in red.
In the sequence logo plots, the letter height and opacity correspond to the AntiFold log-likelihoods (0-100%) per residue in the output sequences.
Heavy Sequence: H chain
CDR1 | CDR2 | CDR3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 35 | 36 | 37 | 38 | 56 | 57 | 58 | 59 | 63 | 64 | 65 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 112 | 113 | 114 | 115 | 116 | 117 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Original | G | Y | S | I | S | S | G | Y | Y | I | Y | H | S | G | S | T | A | G | L | T | Q | S | S | H | N | D | A | N |
Seq 1 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | T | T | A | G | L | Y | G | S | P | W | S | N | P | A |
Seq 2 | G | A | S | I | S | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | R | W | W | S | N | P | Y |
Seq 3 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | F | Y | S | P | Y | S | N | P | Y |
Seq 4 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | S | P | W | S | N | P | Y |
Seq 5 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | R | Y | T | S | N | P | A |
Seq 6 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | T | P | W | S | N | P | Y |
Seq 7 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | T | W | S | S | N | P | Y |
Seq 8 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | Y | R | A | W | S | N | P | A |
Seq 9 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | R | V | W | S | N | P | Y |
Seq 10 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | S | Y | W | S | N | A | S |
Seq 11 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | Y | R | W | W | S | N | P | Y |
Seq 12 | G | A | S | I | S | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | Y | S | Y | W | S | T | P | Y |
Seq 13 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | S | A | W | S | N | P | Y |
Seq 14 | G | D | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | Y | S | A | W | S | N | P | S |
Seq 15 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | T | S | I | W | S | N | P | Y |
Seq 16 | G | A | S | I | T | S | S | Y | W | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | R | Y | G | S | P | Y | S | N | P | Y |
Seq 17 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | T | S | W | W | S | N | P | Y |
Seq 18 | G | A | S | I | S | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | S | A | W | S | N | P | Y |
Seq 19 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | S | A | W | S | N | P | Y |
Seq 20 | G | A | S | I | T | S | S | Y | Y | I | Y | Y | S | G | S | T | A | G | L | Y | G | T | Y | W | S | N | P | Y |
Light Sequence: L chain
CDR1 | CDR2 | CDR3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | 28 | 29 | 30 | 35 | 36 | 37 | 38 | 56 | 57 | 65 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 113 | 114 | 115 | 116 | 117 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Original | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | S | L | N | P | V |
Seq 1 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | S | N | W | V |
Seq 2 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | S | L | N | A | V |
Seq 3 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | L | N | P | V |
Seq 4 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | D | N | G | T | W | D | S | R | S | N | A | V |
Seq 5 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | D | N | G | T | W | D | S | R | L | S | A | V |
Seq 6 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | D | N | G | T | W | D | S | S | L | N | P | V |
Seq 7 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | S | N | P | V |
Seq 8 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | S | N | A | V |
Seq 9 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | S | N | W | V |
Seq 10 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | D | N | G | T | W | D | S | R | L | N | W | V |
Seq 11 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | L | N | A | V |
Seq 12 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | D | N | G | T | W | D | S | R | L | N | W | V |
Seq 13 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | D | N | G | T | W | D | S | R | L | N | A | V |
Seq 14 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | S | N | P | V |
Seq 15 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | D | N | G | T | W | D | S | S | S | N | P | V |
Seq 16 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | L | N | A | V |
Seq 17 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | S | L | N | P | V |
Seq 18 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | R | S | P | V |
Seq 19 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | L | N | A | V |
Seq 20 | S | S | N | I | G | N | N | Y | D | N | N | G | T | W | D | S | R | S | N | A | V |
Magnus Haraldson Høie & Alissa Hummer et al. “AntiFold:
Improved antibody structure-based design using inverse folding” 2024. [ link]
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Header image credit: David Goodsell