Crystal Structure of Fab Cr6261 (Somatic Heavy Chain with Germline-Reverted Light Chain)
PDB | 4evn |
Species | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.851Å |
Number of Fvs | 8 |
In complex | True |
Light chain type | Lambda |
Has constant region | True |
|
Display options: |
This PDB has 8 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | M |
Light chain | N |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
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Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.0° |
HC1 | 72.38° |
HC2 | 116.73° |
LC1 | 118.61° |
LC2 | 82.78° |
dc | 15.93Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | K |
Light chain | L |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
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Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -57.94° |
HC1 | 72.33° |
HC2 | 116.75° |
LC1 | 118.59° |
LC2 | 82.83° |
dc | 15.95Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | G |
Light chain | H |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.14° |
HC1 | 72.4° |
HC2 | 116.52° |
LC1 | 118.62° |
LC2 | 82.67° |
dc | 15.92Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | I |
Light chain | J |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
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Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.16° |
HC1 | 72.4° |
HC2 | 116.49° |
LC1 | 118.64° |
LC2 | 82.63° |
dc | 15.92Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | E |
Light chain | F |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.22° |
HC1 | 72.44° |
HC2 | 116.43° |
LC1 | 118.6° |
LC2 | 82.6° |
dc | 15.91Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | O |
Light chain | P |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.13° |
HC1 | 72.42° |
HC2 | 116.35° |
LC1 | 118.58° |
LC2 | 82.6° |
dc | 15.91Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | A |
Light chain | B |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.08° |
HC1 | 72.46° |
HC2 | 116.55° |
LC1 | 118.6° |
LC2 | 82.72° |
dc | 15.92Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | C |
Light chain | D |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGLV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | V | Q | L | V | E | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | G | P | F | R | S | Y | A | I | S | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | P | E | W | M | G | G | I | I | P | I | F | G | T | T | K | Y | A | P | K | F | Q | G | R | V | T | I | T | A | D | D | F | A | G | T | V | Y | M | E | L | S | S | L | R | S | E | D | T | A | M | Y | Y | C | A | K | H | M | G | Y | Q | V | R | E | T | M | D | V | W | G | K | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | S | V | L | T | Q | P | P | S | V | S | A | A | P | G | Q | K | V | T | I | S | C | S | G | S | S | S | N | I | G | N | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | L | P | G | T | A | P | K | L | L | I | Y | D | N | N | K | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | K | S | G | T | S | A | T | L | G | I | T | G | L | Q | T | G | D | E | A | D | Y | Y | C | G | T | W | D | S | S | L | S | A | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | |
Antigen type | |
Antigen name | |
Antigen species | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen sequence |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGPFRSY |
CDRH2 | IPIFGT |
CDRH3 | HMGYQVRETMDV |
CDRL1 | SGSSSNIGNNYVS |
CDRL2 | DNNKRPS |
CDRL3 | GTWDSSLSAYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.1° |
HC1 | 72.43° |
HC2 | 116.4° |
LC1 | 118.53° |
LC2 | 82.63° |
dc | 15.9Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
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Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]