Crystal Structure of Hiv-1 Bg505 Sosip.664 Prefusion Env Trimer in complex with V3 Loop-Targeting antibody Pgt122 Fab and Fusion Peptide-Targeting antibody Vrc34.01 Fab
PDB | 5i8h |
Species | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 4.301Å |
Number of Fvs | 4 |
In complex | True |
Light chain type | Kappa,Lambda |
Has constant region | True |
|
Display options: |
This PDB has 4 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | G |
Light chain | H |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | R | A | F | G | Y | T | F | T | G | N | A | L | H | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | L | G | W | I | N | P | H | S | G | D | T | T | T | S | Q | K | F | Q | G | R | V | Y | M | T | R | D | K | S | I | N | T | A | F | L | D | V | T | R | L | T | S | D | D | T | G | I | Y | Y | C | A | R | D | K | Y | Y | G | N | E | A | V | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | S | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | Q | L | T | Q | S | P | S | F | L | S | A | S | V | G | D | K | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | G | V | R | N | E | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | N | L | L | I | Y | Y | A | S | T | L | Q | S | G | V | P | S | R | F | S | A | T | G | S | G | T | H | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | F | C | Q | H | M | S | S | Y | P | L | T | F | G | G | G | T | K | V | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | D |
Antigen type | protein |
Antigen name | bg505 sosip.664 gp41 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GYTFTGN |
CDRH2 | NPHSGD |
CDRH3 | DKYYGNEAVGMDV |
CDRL1 | RASQGVRNELA |
CDRL2 | YASTLQS |
CDRL3 | QHMSSYPLT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -61.0° |
HC1 | 70.55° |
HC2 | 116.7° |
LC1 | 120.19° |
LC2 | 82.36° |
dc | 16.42Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | I |
Light chain | J |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGLV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 100O | 100P | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | H | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | N | V | S | G | T | L | V | R | D | N | Y | W | S | W | I | R | Q | P | L | G | K | Q | P | E | W | I | G | Y | V | H | D | S | G | D | T | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | H | L | S | L | D | K | S | K | N | L | V | S | L | R | L | T | G | V | T | A | A | D | S | A | I | Y | Y | C | A | T | T | K | H | G | R | R | I | Y | G | V | V | A | F | K | E | W | F | T | Y | F | Y | M | D | V | W | G | K | G | T | S | V | T | V | S | S |
Light chain
8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 66A | 66B | 66C | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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P | T | F | V | S | V | A | P | G | Q | T | A | R | I | T | C | G | E | E | S | L | G | S | R | S | V | I | W | Y | Q | Q | R | P | G | Q | A | P | S | L | I | I | Y | N | N | N | D | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | P | G | S | T | F | G | T | T | A | T | L | T | I | T | S | V | E | A | G | D | E | A | D | Y | Y | C | H | I | W | D | S | R | R | P | T | N | W | V | F | G | E | G | T | T | L | I | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | A |
Antigen type | protein |
Antigen name | bg505 sosip.664 gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GTLVRDN |
CDRH2 | HDSGD |
CDRH3 | TKHGRRIYGVVAFKEWFTYFYMDV |
CDRL1 | GEESLGSRSVI |
CDRL2 | NNNDRPS |
CDRL3 | HIWDSRRPTNWV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -64.9° |
HC1 | 76.98° |
HC2 | 122.87° |
LC1 | 115.88° |
LC2 | 83.87° |
dc | 15.94Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | E |
Light chain | F |
Heavy subgroup | IGHV1 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | R | A | F | G | Y | T | F | T | G | N | A | L | H | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | L | G | W | I | N | P | H | S | G | D | T | T | T | S | Q | K | F | Q | G | R | V | Y | M | T | R | D | K | S | I | N | T | A | F | L | D | V | T | R | L | T | S | D | D | T | G | I | Y | Y | C | A | R | D | K | Y | Y | G | N | E | A | V | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | S | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | Q | L | T | Q | S | P | S | F | L | S | A | S | V | G | D | K | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | G | V | R | N | E | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | N | L | L | I | Y | Y | A | S | T | L | Q | S | G | V | P | S | R | F | S | A | T | G | S | G | T | H | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | F | C | Q | H | M | S | S | Y | P | L | T | F | G | G | G | T | K | V | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | B |
Antigen type | protein |
Antigen name | bg505 sosip.664 gp41 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GYTFTGN |
CDRH2 | NPHSGD |
CDRH3 | DKYYGNEAVGMDV |
CDRL1 | RASQGVRNELA |
CDRL2 | YASTLQS |
CDRL3 | QHMSSYPLT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -60.86° |
HC1 | 70.33° |
HC2 | 116.81° |
LC1 | 120.61° |
LC2 | 82.5° |
dc | 16.41Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | K |
Light chain | L |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGLV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 100O | 100P | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | H | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | N | V | S | G | T | L | V | R | D | N | Y | W | S | W | I | R | Q | P | L | G | K | Q | P | E | W | I | G | Y | V | H | D | S | G | D | T | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | H | L | S | L | D | K | S | K | N | L | V | S | L | R | L | T | G | V | T | A | A | D | S | A | I | Y | Y | C | A | T | T | K | H | G | R | R | I | Y | G | V | V | A | F | K | E | W | F | T | Y | F | Y | M | D | V | W | G | K | G | T | S | V | T | V | S | S |
Light chain
8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 66A | 66B | 66C | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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P | T | F | V | S | V | A | P | G | Q | T | A | R | I | T | C | G | E | E | S | L | G | S | R | S | V | I | W | Y | Q | Q | R | P | G | Q | A | P | S | L | I | I | Y | N | N | N | D | R | P | S | G | I | P | D | R | F | S | G | S | P | G | S | T | F | G | T | T | A | T | L | T | I | T | S | V | E | A | G | D | E | A | D | Y | Y | C | H | I | W | D | S | R | R | P | T | N | W | V | F | G | E | G | T | T | L | I | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | C |
Antigen type | protein |
Antigen name | bg505 sosip.664 gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GTLVRDN |
CDRH2 | HDSGD |
CDRH3 | TKHGRRIYGVVAFKEWFTYFYMDV |
CDRL1 | GEESLGSRSVI |
CDRL2 | NNNDRPS |
CDRL3 | HIWDSRRPTNWV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -64.47° |
HC1 | 75.84° |
HC2 | 121.96° |
LC1 | 117.15° |
LC2 | 86.03° |
dc | 15.92Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]