Crystal Structure of 5a Scfv in complex with Yfv-17D Se in Prefusion State
PDB | 6iw2 |
Species | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.9Å |
Number of Fvs | 6 |
In complex | True |
Light chain type | Kappa |
Has constant region | False |
|
Display options: |
This PDB has 6 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | K |
Light chain | L |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | P | R | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | T | V | S | G | G | S | T | Y | N | H | H | W | S | W | I | R | Q | P | P | G | R | G | L | E | W | I | G | Y | I | S | Y | S | G | K | S | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | L | E | P | S | T | T | Q | F | S | L | K | L | N | S | L | T | A | A | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | E | Y | R | D | D | T | N | Y | Y | Y | Y | S | L | D | V | W | G | P | G | T | M | V | T |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | I | V | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | S | I | G | S | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | Y | K | A | S | S | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | Y | C | Q | Q | Y | N | N | Y | S | Y | T | F | G | P | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | J |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope protein e |
Antigen species | YELLOW FEVER VIRUS (STRAIN 17D VACCINE) |
Antigen sequence | AHCIGITDRDFIEGVHGGTWVSATLEQDKCVTVMAPDKPSLDISLETVAIDRPAEVRKVCYNAVLTHVKINDKCPSTGEAHLAEENEGDNACKRTYSDRGWGNGCGLFGKGSIVACAKFTCAKSMSLFEVDQTKIQYVIRAQLHVGAKQENWNTDIKTLKFDALSGSQEVEFIGYGKATLECQVQTAVDFGNSYIAEMETESWIVDRQWAQDLTLPWQSGSGGVWREMHHLVEFEPPHAATIRVLALGNQEGSLKTALTGAMRVTKDTNDNNLYKLHGGHVSCRVKLSALTLKGTSYKICTDKMFFVKNPTDTGHGTVVMQVKVSKGAPCRIPVIVADDLTAAINKGILVTVNPIASTNDDEVLIEVNPPFGDSYIIVGRGDSRLTYQWHKEGSS |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGSTYNH |
CDRH2 | SYSGK |
CDRH3 | EYRDDTNYYYYSLDV |
CDRL1 | RASQSIGSWLA |
CDRL2 | KASSLES |
CDRL3 | QQYNNYSYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -56.81° |
HC1 | 71.8° |
HC2 | 119.73° |
LC1 | 120.38° |
LC2 | 83.12° |
dc | 16.33Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | Q |
Light chain | R |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | P | R | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | T | V | S | G | G | S | T | Y | N | H | H | W | S | W | I | R | Q | P | P | G | R | G | L | E | W | I | G | Y | I | S | Y | S | G | K | S | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | L | E | P | S | T | T | Q | F | S | L | K | L | N | S | L | T | A | A | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | E | Y | R | D | D | T | N | Y | Y | Y | Y | S | L | D | V | W | G | P | G | T | M | V | T |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | I | V | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | S | I | G | S | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | Y | K | A | S | S | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | Y | C | Q | Q | Y | N | N | Y | S | Y | T | F | G | P | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | P |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope protein e |
Antigen species | YELLOW FEVER VIRUS (STRAIN 17D VACCINE) |
Antigen sequence | AHCIGITDRDFIEGVHGGTWVSATLEQDKCVTVMAPDKPSLDISLETVAIDRPAEVRKVCYNAVLTHVKINDKCPSTGEAHLAEENEGDNACKRTYSDRGWGNGCGLFGKGSIVACAKFTCAKSMSLFEVDQTKIQYVIRAQLHVGAKQENWNTDIKTLKFDALSGSQEVEFIGYGKATLECQVQTAVDFGNSYIAEMETESWIVDRQWAQDLTLPWQSGSGGVWREMHHLVEFEPPHAATIRVLALGNQEGSLKTALTGAMRVTKDTNDNNLYKLHGGHVSCRVKLSALTLKGTSYKICTDKMFFVKNPTDTGHGTVVMQVKVSKGAPCRIPVIVADDLTAAINKGILVTVNPIASTNDDEVLIEVNPPFGDSYIIVGRGDSRLTYQWHKEGSS |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGSTYNH |
CDRH2 | SYSGK |
CDRH3 | EYRDDTNYYYYSLDV |
CDRL1 | RASQSIGSWLA |
CDRL2 | KASSLES |
CDRL3 | QQYNNYSYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.39° |
HC1 | 71.12° |
HC2 | 119.32° |
LC1 | 120.74° |
LC2 | 82.65° |
dc | 16.39Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | N |
Light chain | O |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | P | R | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | T | V | S | G | G | S | T | Y | N | H | H | W | S | W | I | R | Q | P | P | G | R | G | L | E | W | I | G | Y | I | S | Y | S | G | K | S | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | L | E | P | S | T | T | Q | F | S | L | K | L | N | S | L | T | A | A | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | E | Y | R | D | D | T | N | Y | Y | Y | Y | S | L | D | V | W | G | P | G | T | M | V | T |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | I | V | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | S | I | G | S | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | Y | K | A | S | S | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | Y | C | Q | Q | Y | N | N | Y | S | Y | T | F | G | P | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | M |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope protein e |
Antigen species | YELLOW FEVER VIRUS (STRAIN 17D VACCINE) |
Antigen sequence | AHCIGITDRDFIEGVHGGTWVSATLEQDKCVTVMAPDKPSLDISLETVAIDRPAEVRKVCYNAVLTHVKINDKCPSTGEAHLAEENEGDNACKRTYSDRGWGNGCGLFGKGSIVACAKFTCAKSMSLFEVDQTKIQYVIRAQLHVGAKQENWNTDIKTLKFDALSGSQEVEFIGYGKATLECQVQTAVDFGNSYIAEMETESWIVDRQWAQDLTLPWQSGSGGVWREMHHLVEFEPPHAATIRVLALGNQEGSLKTALTGAMRVTKDTNDNNLYKLHGGHVSCRVKLSALTLKGTSYKICTDKMFFVKNPTDTGHGTVVMQVKVSKGAPCRIPVIVADDLTAAINKGILVTVNPIASTNDDEVLIEVNPPFGDSYIIVGRGDSRLTYQWHKEGSS |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGSTYNH |
CDRH2 | SYSGK |
CDRH3 | EYRDDTNYYYYSLDV |
CDRL1 | RASQSIGSWLA |
CDRL2 | KASSLES |
CDRL3 | QQYNNYSYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -57.97° |
HC1 | 71.1° |
HC2 | 119.12° |
LC1 | 120.77° |
LC2 | 82.92° |
dc | 16.33Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | E |
Light chain | F |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | P | R | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | T | V | S | G | G | S | T | Y | N | H | H | W | S | W | I | R | Q | P | P | G | R | G | L | E | W | I | G | Y | I | S | Y | S | G | K | S | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | L | E | P | S | T | T | Q | F | S | L | K | L | N | S | L | T | A | A | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | E | Y | R | D | D | T | N | Y | Y | Y | Y | S | L | D | V | W | G | P | G | T | M | V | T |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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Q | I | V | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | S | I | G | S | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | Y | K | A | S | S | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | Y | C | Q | Q | Y | N | N | Y | S | Y | T | F | G | P | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | D |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope protein e |
Antigen species | YELLOW FEVER VIRUS (STRAIN 17D VACCINE) |
Antigen sequence | AHCIGITDRDFIEGVHGGTWVSATLEQDKCVTVMAPDKPSLDISLETVAIDRPAEVRKVCYNAVLTHVKINDKCPSTGEAHLAEENEGDNACKRTYSDRGWGNGCGLFGKGSIVACAKFTCAKSMSLFEVDQTKIQYVIRAQLHVGAKQENWNTDIKTLKFDALSGSQEVEFIGYGKATLECQVQTAVDFGNSYIAEMETESWIVDRQWAQDLTLPWQSGSGGVWREMHHLVEFEPPHAATIRVLALGNQEGSLKTALTGAMRVTKDTNDNNLYKLHGGHVSCRVKLSALTLKGTSYKICTDKMFFVKNPTDTGHGTVVMQVKVSKGAPCRIPVIVADDLTAAINKGILVTVNPIASTNDDEVLIEVNPPFGDSYIIVGRGDSRLTYQWHKEGSS |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGSTYNH |
CDRH2 | SYSGK |
CDRH3 | EYRDDTNYYYYSLDV |
CDRL1 | RASQSIGSWLA |
CDRL2 | KASSLES |
CDRL3 | QQYNNYSYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -56.99° |
HC1 | 72.15° |
HC2 | 119.58° |
LC1 | 120.55° |
LC2 | 83.47° |
dc | 16.31Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | B |
Light chain | C |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E | V | Q | L | V | E | S | G | P | R | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | T | V | S | G | G | S | T | Y | N | H | H | W | S | W | I | R | Q | P | P | G | R | G | L | E | W | I | G | Y | I | S | Y | S | G | K | S | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | L | E | P | S | T | T | Q | F | S | L | K | L | N | S | L | T | A | A | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | E | Y | R | D | D | T | N | Y | Y | Y | Y | S | L | D | V | W | G | P | G | T | M | V | T |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | I | V | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | S | I | G | S | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | Y | K | A | S | S | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | Y | C | Q | Q | Y | N | N | Y | S | Y | T | F | G | P | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | A |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope protein e |
Antigen species | YELLOW FEVER VIRUS (STRAIN 17D VACCINE) |
Antigen sequence | AHCIGITDRDFIEGVHGGTWVSATLEQDKCVTVMAPDKPSLDISLETVAIDRPAEVRKVCYNAVLTHVKINDKCPSTGEAHLAEENEGDNACKRTYSDRGWGNGCGLFGKGSIVACAKFTCAKSMSLFEVDQTKIQYVIRAQLHVGAKQENWNTDIKTLKFDALSGSQEVEFIGYGKATLECQVQTAVDFGNSYIAEMETESWIVDRQWAQDLTLPWQSGSGGVWREMHHLVEFEPPHAATIRVLALGNQEGSLKTALTGAMRVTKDTNDNNLYKLHGGHVSCRVKLSALTLKGTSYKICTDKMFFVKNPTDTGHGTVVMQVKVSKGAPCRIPVIVADDLTAAINKGILVTVNPIASTNDDEVLIEVNPPFGDSYIIVGRGDSRLTYQWHKEGSS |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGSTYNH |
CDRH2 | SYSGK |
CDRH3 | EYRDDTNYYYYSLDV |
CDRL1 | RASQSIGSWLA |
CDRL2 | KASSLES |
CDRL3 | QQYNNYSYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.26° |
HC1 | 71.45° |
HC2 | 119.28° |
LC1 | 120.48° |
LC2 | 83.11° |
dc | 16.29Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | H |
Light chain | I |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E | V | Q | L | V | E | S | G | P | R | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | T | V | S | G | G | S | T | Y | N | H | H | W | S | W | I | R | Q | P | P | G | R | G | L | E | W | I | G | Y | I | S | Y | S | G | K | S | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | L | E | P | S | T | T | Q | F | S | L | K | L | N | S | L | T | A | A | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | E | Y | R | D | D | T | N | Y | Y | Y | Y | S | L | D | V | W | G | P | G | T | M | V | T |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | I | V | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | S | I | G | S | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | Y | K | A | S | S | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | Y | C | Q | Q | Y | N | N | Y | S | Y | T | F | G | P | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | G |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope protein e |
Antigen species | YELLOW FEVER VIRUS (STRAIN 17D VACCINE) |
Antigen sequence | AHCIGITDRDFIEGVHGGTWVSATLEQDKCVTVMAPDKPSLDISLETVAIDRPAEVRKVCYNAVLTHVKINDKCPSTGEAHLAEENEGDNACKRTYSDRGWGNGCGLFGKGSIVACAKFTCAKSMSLFEVDQTKIQYVIRAQLHVGAKQENWNTDIKTLKFDALSGSQEVEFIGYGKATLECQVQTAVDFGNSYIAEMETESWIVDRQWAQDLTLPWQSGSGGVWREMHHLVEFEPPHAATIRVLALGNQEGSLKTALTGAMRVTKDTNDNNLYKLHGGHVSCRVKLSALTLKGTSYKICTDKMFFVKNPTDTGHGTVVMQVKVSKGAPCRIPVIVADDLTAAINKGILVTVNPIASTNDDEVLIEVNPPFGDSYIIVGRGDSRLTYQWHKEGSS |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GGSTYNH |
CDRH2 | SYSGK |
CDRH3 | EYRDDTNYYYYSLDV |
CDRL1 | RASQSIGSWLA |
CDRL2 | KASSLES |
CDRL3 | QQYNNYSYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -57.21° |
HC1 | 71.11° |
HC2 | 120.27° |
LC1 | 121.44° |
LC2 | 83.19° |
dc | 16.35Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]